Сравнительный анализ ДНК и тРНК
Задание 1
| find_pair | einverted | по алгоритму Зукера | |
|---|---|---|---|
| Акцепторный участок | 2-7, 66-75 | 1-7, 65-71 | 1-7, 65-71 |
| D-петля | 10-25 | 10-24 | |
| Антикодоновая петля | 26-44 | 26-42 | |
| T-петля | 49-68 | 48-64 | |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 20 | 6 | 20 |
Задание 2
Структура моего белка (1KSX) представляет собой технический димер, каждый из которых состоит из 4 цепей. Я рассматрю одну, предполагая, что они симметричны и одинаковы.
Для поиска контактов использовались команды pymol. Для полярных контактов:
select p, byres chain F and (chain C around 3,5) + byres chain F and (chain C around 3,5)
Для неполярных контактов:
select n, byres chain F and (chain C around 4,5) + byres chain F and (chain C around 4,5)
Задание 3
С помощью программы nucplot была получена схема контактов белка 1KSX с ДНК.
Аминокислотный остаток с наибольшим числом контактов - Phe182.
На мой взгляд, аминокислотный остаток, наиболее важный для распознавания последовательности ДНК - Phe162, так как он контактирует непосредственно с азотистым основанием
