Здесь представлены 2D структуры нуклеотидов и фрагментов нуклеиновых кислот, полученные с помощью программы MarvinSketch.

MRV

Изображение фрагмента ДНК

Неканонические пары

Пара цитозин-цитозин. По исследованиям ЯМР данная пара образуется при низких рН[2]

Пара цитозин-аденин. Скорее всего, данная пара устойчива за счет наличия двух связей[3].

Пара таутомер гуанина-цитозин. В том числе и на ней исследовалась передача энергии между водородными связями[4].

Хугстиновская пара гуанин-цитозин.

Каноническая пара. Стабильна за счет 3 связей.

Пара цитозин-тимин. Стабильная антипараллельная С-Т пара возникает только в конце дуплекса[1]. Здесь можно заметить наличие двух связей, что вероятно обеспечивает устойчивость в отсутствие в центре акцепторов водородных связей (на атомах азота отрицательный индуктивный эффект, благоприятствующий отталкиванию):

Источники:

[1] A stable antiparallel cytosine-thymine base pair occurring only at the end of a duplex.

[2] A cytosine·cytosine base paired parallel DNA double helix with thymine·thymine bulges

[3] DNA structure in which an adenine-cytosine mismatch pair forms an integral part of the double helix.

[4] Studies on tautomeric forms of Guanine-Cytosine base pairs of nucleic acids and their interactions with water molecules.

---

© Yuliia Preobrazhenskaya, 2015