Для выполнения практикума использовалась структура енон-редуктазы бактерии Lactobacillus plantarum (PDB ID: 4QLX). Разрешение структуры - 1.95Å. Эти данные использовались в статье по изучению структуры и механизма реакции енон-редуктазы (см. статью). Как можно видеть из рис.1, данный белок удовлетворяет требованиям: более 5 гомологов удовлетворяют критериям (RMSD от 0.8 до 3.0 Å и N_align от 50% до 90% от числа аминокислотных остатков входного белка).
файл с электронной плотностью![]() |
Рис.1 Находки по гомологии с белком 4qlx |
На Рис. 2-6 изображена структура белка енон-редуктазы с отображенной электронной плотностью при разных уровнях подрезки (σ). Подрезка проводилась при σ = 1, 1.5, 2, 3, 4. При σ = 1.5 наблюдаются "бреши" в электронной плотности, не все атомы попадают, при σ = 3 уже заметна значительное количество брешей в электронной плотности.
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
Для задания 2 брались 3 различных остатка из данного белка - аланин (Ala), глутамат (Glu), лизин (Lys). На Рис. 7 изображены эти остатки и проанализировано поведение электронной плотности вблизи них. Для аланина видим, что на большом уровне подрезки (σ = 3) пропадает электронная плотность вокруг электроотрицательных атомов и атомов остова, в то время как при σ = 2.5 все еще хорошо. У глутамата в тоже время при при σ = 2 (но сохраняется в области СООН-группы) электронной плотности вокруг электроотрицательных атомов и атомов остова уже нет, полное покрытие сохраняется только при σ = 1. У лизина электронная плотность сохраняется при σ = 1.5, а при 2.5 ее уже нет. Это странно, но при σ = 3 электронная плотность сохраняется в области боковой цепи. дивительно также, что при σ = 2 у изолейцина наблюдается электронная плотность в области боковой цепи. Возможно такие невысокие уровни подрезки получились потому, что данные остаток находились на периферии структуры (аланин возможно ближе к core), поэтому скорее всего положение остатков недостаточно достоверно расшифровано, что порождает несовпадения в модели и функции электронной плотности.
Ala20 | |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() | |
Lys6 | |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
Glu3 | |
![]() |
![]() |
![]() |
© Yuliia Preobrazhenskaya, 2015-2016