Был выбран человеческий белок UBF HMG box5, для которого есть и ЯМР (1L8Y), и РСА (2HDZ) структура. Моделей ЯМР 30, так что он удовлетворяет критериям. Пример был взят из таблицы из статьи 2010 года. Укладки структур ЯМР и РСА сходны. Таким образом, данный белок удовлетворяет всем требованиям для выполнения задания. 1L8Y и 2HDZ были открыты в PyMol и совмещены (рис.1).
![](prak5/align_All.png)
Рис.1 Наложение структур
Было выбрано 3 примера водородных связей: остовная в альфа-спирали , связь боковых цепей в ядре белка , водородная связь в петлях, выходящих на поверхность глобулы.
Водородные связи в РСА
![]() |
![]() |
![]() |
Остовная водородная связь в альфа-спирали присутствует во всех моделях ЯМР и её длина практически постоянна. Данная связь стабилизирует альфа-спираль и следовательно она важна для поддержания структуры и имеет фиксированную длину. С другой стороны, было сложно обнаружить водородные связи ядра, что может быть связано с большей подвижностью боковых цепей аминокислот по сравнению с остовом белковой цепи, особенно если учесть, что контакт расположен не в глубине глобулы, а ближе к ее поверхности, у основания достаточно подвижных петель.
Сравнение водородных связей по данным РСА и ЯМР
![](prak5/tabl.png)
© Yuliia Preobrazhenskaya, 2015-2016