Определение вторичной структуры
В данном практикуме я использовала структуру своего белка енон-редуктазы 4QLX. Вторичная структура была предсказана алгоритмом DSSP и сравнена с выдачей PDB. В таблице 1 произведено сравнение нескольких элементов вторичной структуры по результатам работы алгоритмов DSSP. Ниже - строки из PDB файла со структурами: 26 альфа спиралей, 8 бета-листов.
Рис.1 Структура 4QLX
HELIX 1 1 ASP A 12 ASN A 19 1 8 HELIX 2 2 GLY A 33 ALA A 45 1 13 HELIX 3 3 SER A 49 LEU A 53 5 5 HELIX 4 4 THR A 63 LYS A 71 1 9 HELIX 5 5 GLN A 72 VAL A 74 5 3 HELIX 6 6 MET A 75 PHE A 77 5 3 HELIX 7 7 ASN A 78 ALA A 85 1 8 HELIX 8 8 GLN A 96 TYR A 99 5 4 HELIX 9 9 VAL A 100 ASP A 111 1 12 HELIX 10 10 THR A 115 ASN A 132 1 18 HELIX 11 11 THR A 134 HIS A 160 1 27 HELIX 12 12 LYS A 174 GLY A 180 1 7 HELIX 13 13 ASP A 208 THR A 213 5 6 HELIX 14 14 ASP B 12 ASN B 19 1 8 HELIX 15 15 GLY B 33 ALA B 45 1 13 HELIX 16 16 SER B 49 LEU B 53 5 5 HELIX 17 17 THR B 63 GLN B 72 1 10 HELIX 18 18 ALA B 73 VAL B 74 5 2 HELIX 19 19 MET B 75 PHE B 77 5 3 HELIX 20 20 ASN B 78 ALA B 85 1 8 HELIX 21 21 GLN B 96 TYR B 99 5 4 HELIX 22 22 VAL B 100 ASP B 111 1 12 HELIX 23 23 THR B 115 ASN B 132 1 18 HELIX 24 24 THR B 134 HIS B 160 1 27 HELIX 25 25 LYS B 174 GLY B 180 1 7 HELIX 26 26 ASP B 208 THR B 213 5 6 SHEET 1 A 4 TRP A 56 VAL A 61 0 SHEET 2 A 4 ALA A 87 ASP A 94 -1 O ILE A 88 N VAL A 61 SHEET 3 A 4 TYR A 186 GLY A 195 -1 O VAL A 187 N GLY A 93 SHEET 4 A 4 ASP A 163 PHE A 167 -1 N PHE A 167 O GLY A 191 SHEET 1 B 4 TRP B 56 VAL B 61 0 SHEET 2 B 4 ALA B 87 ASP B 94 -1 O ILE B 88 N VAL B 61 SHEET 3 B 4 TYR B 186 GLY B 195 -1 O VAL B 187 N GLY B 93 SHEET 4 B 4 ASP B 163 PHE B 167 -1 N PHE B 167 O GLY B 191
Будем сравнивать среди альфа спиралей:
HELIX 1 1 ASP A 12 ASN A 19 1 8 HELIX 2 2 GLY A 33 ALA A 45 1 13
И среди бета-листов:
SHEET 2 A 4 ALA A 87 ASP A 94 -1 O ILE A 88 N VAL A 61 SHEET 3 A 4 TYR A 186 GLY A 195 -1 O VAL A 187 N GLY A 93
Таблица 1. Сравнение границ элементов вторичной структуры из PDB-файла 4KXQ с предсказанием, полученным программой DSSP
ALPHA PDB | ALPHA DSSP | BETA PDB | BETADSSP |
13L-18F | 12D-19N | 87A-94I | 87A-94I |
34R-44A | 33G-45A | 186Y-195G | 186Y-195G |
Как можно заметить из таблицы 1, для альфа-спиралей границы отличаются на один остаток с двух сторон, в то время как для бета-тяжей - все границы совпадают.
© Yuliia Preobrazhenskaya, 2015-2016