В данном задании я изменяла параметры: порог расстояния и порог размера кластера, чтобы получить лучше интерпретируемый результат. Ниже представлены результаты для порога 5.4А и параметром не показывать кластеры менее трех атомов было найдено 6 кластеров. Найдено 12 гидрофобных кластеров, при этом лишь один из них достаточно большой - 812 атомов (core2), в то время как другие меньше 10. Непосредственно гидрофобное ядро - самый большой кластер был рассмотрен здесь.
Рис.1 Структура 4QLX с гидрофобными кластерами (5.4А)
Далее расстояние было сокращено до 5.
Было найдено 12 кластеров - они разбились на более мелкие.
Рис.2 Структура 4QLX с гидрофобными кластерами (5А)
Далее исследовался порог 6А. Как можно видеть из рисунка, количество кластеров уменьшилось - увеличилось количество атомов в них. Core2 слился с сore1 и стал вмещать 912 атомов. Вообще, самый большой кластер на какой из цепей примерно соответствует домену нитроредуктазы. Про другие домены информации нет - похоже у белка всего лишь 1 домен, в котором и находится гидрофобное ядро.
Рис.3 Структура 4QLX с гидрофобными кластерами (6А)
Выводы:
-Уменьшение порога дистанции приводит к тому, что крупные кластеры распадаются на более мелкие.
-Наоборот, увеличение порога дистанции приводит к объединению маленьких кластеров в большие (порог 6 ангстрем).
-При варьировании условий гидрофобные кластеры покрывают всю поверхность белка.
-Наиболее оптимальными, на мой взгляд являются исходные параметры.
Было найдено 5 кластеров. Довольно необычно, что сервис объединил в один большой кластер участки белка и ДНК (2). Таким образом, к белку относятся только кластеры 1 и 2. При уменьшении порога до 5, кластеров стало 6 и в некоторых из них (2) стало больше атомов - то есть программа продолжила определять кластер неверно. При увеличении порога до 6 все кластеры сливаются в 1.
Рис.4 Структура 5CYS с гидрофобными кластерами (5.4А)
Рис.5 Структура 5CYS с гидрофобными кластерами (5A)
Рис.6 Структура 5CYS с гидрофобными кластерами (6А)
© Yuliia Preobrazhenskaya, 2015-2016