Семейства гомологов можно искать с помощью алгоритма psi-blast.
Q3U7X3 – идентификатор случайно выбранного белка, для которого требуется найти семейство. Это белок – посредник апоптоза, при чем регуляция осуществляется путем связывания с динеином и микротрубочеками. Его аминокислотную последовательность можно посмотреть здесь.
Таблица 1. Результаты работы psi-blast после каждой итерации
Результат стабилизировался: последние 2 запуска не изменили предполагаемый состав семейства. Можно считать, что в семейство исходного белка входит 443 белка. Однако вес белков, входящих в семейство от посторонних отличается всего на порядок. Поэтому нельзя утверждать это точно. Их множественное выравнивание есть тут, а проект JalView тут.
В выравнивании с таким количеством последовательностей найти абсолютно консервативные колонки не удалось, но консервативных участков, повторяющихся почти во всех последовательностях, довольно много. В целом, это 2 участка, однако у некоторых последовательностей есть вставки, разрывающие эти участки. Вероятно, что участки связывания с динеином или микротрубочками, которые встречаются у многих белков. Этим можно объяснить такое большое число последовательностей в семействе.
Последнее обновление: 29.02.2016