База данных UniProt хранит сведения о большом количестве аминокислотных последовательностей. Запись о белке содержит информацию о структуре, датах исследований и публикациях (из которых взята информация), ссылки на записи об этом белке из других баз данных.
Идентификатор АС калий-связывающего белка из семейства Ktr (KtrA) бактерии Bacillus subtilis в базе данных UniProt O32080
С помощью расширенного поиска по UniProt, я нашла 2 ортолога (те же белки, но другого, близкого таксономически организма). Организмы, продуцирующие эти белки относятся к роду Bacillus и имеют одинаковое название - калий-связывающий белок (Ktr system potassium uptake protein A).
Более подробная сравнительная характеристика представлена в таблице 1.
Таблица 1. Сравнение калий-связывающих белков бактерий одного рода. В поле метка указаны символы, по которым можно найти соответствующую информацию в базе данных UniProt
| Характеристика | Метка | Белок Bacillus subtilis | Белок Bacillus thuringiensis | Белок Bacillus vireti | |
|---|---|---|---|---|---|
| Идентификатор записи | ID | KTRA_BACSU | A0A0G4CXQ5_BACTO | W1SD84_9BACI | |
| Код доступа первый | AC | O32080 | A0A0G4CXQ5 | W1SD84 | |
| Другие коды доступа | AC | - | - | - | |
| Дата создания документа | DT | 01-JAN-1998 | 16-SEP-2015 | 19-MAR-2014 | |
| Дата последнего изменения | DT | 09-DEC-2015 | 09-DEC-2015 | 20-JAN-2016 | |
| Название белка | DE | Ktr system potassium uptake protein A | Potassium uptake protein KtrA | Potassium uptake protein KtrA | |
| Название организма | OS | Bacillus subtilis (strain 168) | Bacillus thuringiensis subsp. tolworthi. | Bacillus vireti LMG 21834. | |
| Таксономия | OC | Bacteria›Firmicutes› Bacilli› Bacillales› Bacillaceae›Bacillus | Bacteria›Firmicutes› Bacilli› Bacillales› Bacillaceae›Bacillus› Bacillus cereus group | Bacteria›Firmicutes› Bacilli› Bacillales› Bacillaceae›Bacillus | |
| Название гена | GN | KtrA | KNN_01793 | BAVI_24838 | |
| Номер публикции | RX | PubMed=9384377 | - | PubMed=24708037 | |
| Авторы публикации | RA | Kunst F., Ogasawara N., Moszer I., Albertini A.M., Alloni G. | Kanda K., Nakashima K., Nagano Y. | Mania D., Heylen K., van Spanning R.J., Frostegard A. | |
| Название публикации | RT | "The complete genome sequence of the Gram-positive bacterium Bacillus subtilis." | "Whole genome sequence of Bacillus thuringiensis serovar tolworthi Pasteur Institute Standard strain." | "The nitrate-ammonifying and nosZ-carrying bacterium Bacillus vireti is a potent source and sink for nitric and nitrous oxide under high nitrate conditions." | |
| Где опубликовано | RL | Nature 390:249-256(1997) J. Bacteriol. 185:1289-1298(2003) Cell 109:781-791(2002) Cell 126:1147-1159(2006) | Submitted (MAY-2015) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases | Environ. Microbiol. 16:3196-3210(2014) | |
| Существование белка | PE | Evidence at protein level | Predicted | Predicted | |
| Ссылка на базу 3D структур PDB | DR | PDB; 1LSU; X-ray; 2.85 A; A/B=1-143 | - | - |
Из таблицы видно, что ортологи белка менее изучены: не доказано их существование, нет записей с пространственными структурами. Недавние даты исследований показывают, что изучение этих белков - актуальный вопрос и, возможно появление новых данных.
Из проделанной в 1 семестре работы, мне стало известно, что у рассматриваемого нами белка (O32080) имеется 2 одинаковых лиганда - АДНЕОЗИН-5'-ДИФОСФАТа (сокращенно ADP). Этот лиганд предположительно образует 6 водородных связей с аминокислотными остатками белка:
Ala57A, Asn56A, Lys41A, Asp36A, Arg16A
При трансляции цепочка всегда начинается с метионина (MET), так как соответствующий триплет является старт-кодоном. В трехбуквенной записи N'-конец выглядит так: MET GLY ARG ILE LYS ASN LYS GLN PHE ALA.. Если же рассмотреть последовательность, предоставленную PDB (ASN LYS GLN PHE ALA..), то можно заметить посттрансляционные изменения этого участка. Первые 5 аминокислот были удалены с N-конца в цепи А.
KtrAB - это ионный транспортер, который представляет собой комплекс KtrA и KtrB мембранного белков, объединеных в октомерный RCK-домен. (Cell 126:1147-1159(2006))
RCK-домены регулируют эукариотические и прокариотические мембранные белки, участвующие в транспорте К(+).
Последнее обновление: 29.02.2016