Зашел на страницу GENSCAN и подал свою последовательность на вход программе для определения экзон-интронной структуры.
Выдача программы GENSCAN
Тип Цепь Начало Конец Начальный + 4521 4629 Внутренний + 4907 5181 Внутренний + 5239 5470 Внутренний + 9840 10109 Внутренний + 10333 10398 Внутренний + 11953 12122 Внутренний + 12206 12329 Внутренний + 12421 12611 Внутренний + 13500 13650 Внутренний + 13736 13913 Внутренний + 13971 14238 Внутренний + 14278 14422 Внутренний + 14916 15106 Внутренний + 15410 15555 Внутренний + 15941 16062 Внутренний + 16145 16255 Внутренний + 16336 16526 Внутренний + 16637 16759 Внутренний + 16843 16913 Внутренний + 17132 17269 Внутренний + 17415 17520 Внутренний + 17699 17844 Внутренний + 18048 18147 Внутренний + 22071 22286
Нашел свою последовательность в геноме человека. Ее координаты: chr4:1,791,535-1,814,649. С помощью Genome browser было получено графическое изображение выравнивания данного фрагмента генома человека с известными мРНК и EST (на рисунках ниже).
Рис. 1.Удержанный интрон.
Рис. 2.Альтернативный акцепторный экзон.
Таблица 1. Экзонная структура последовательности киви, предсказанная blastx
| Номер экзона | Координаты начала | Координаты конца |
| Куллин - 3А | ||
| 1 | 15151 | 15237 |
| 2 | 15758 | 15862 |
| 3 | 17597 | 17998 |
| 4 | 18171 | 18269 |
| 5 | 20038 | 20217 |
| Субстрат фитохром киназы | ||
| 1 | 33102 | 34286 |
| Сфинганин-С4-монооксигеназа | ||
| 1 | 44592 | 44768 |
| 2 | 44872 | 45057 |
| 3 | 45162 | 45668 |
| 4 | 46262 | 46444 |
| ТАТА-box связывающий фактор субъединицы B РНК-полимеразы 1 | ||
| 1 | 63084 | 62947 |
| 2 | 63319 | 63200 |
| 3 | 64112 | 63696 |
| 4 | 65219 | 64854 |
| Бета-1,3-галактозилтрансфераза | ||
| 1 | 83522 | 83154 |
| 2 | 83713 | 83615 |
| 3 | 84300 | 84022 |
| 4 | 84857 | 84387 |
| 5 | 85124 | 85023 |
| 6 | 85638 | 85222 |
| 7 | 86524 | 86330 |
| 8 | 87444 | 87016 |
Последнее обновление: 16.09.2014