Химическое строение нуклеиновых кислот

Картирование на референсный геном

В этом практикуме нужно откартировать очищенные риды из прошлого практикума на геномы митохондрии и хлоропласта резуховидки.

Сначала необходимо индексировать референсные геномы, потом запустить само картирование:

bwa index chl_mth.fasta
bwa mem chl_mth.fasta out.fastq > aln.sam

Получены выравнивания, которые теперь обработаем с помощью sam.

samtools view -bSh aln.sam > aln.bam — перевод выравнивания в формат bam; -b - выдача в формате bam, -S - подача формата sam на вход, -h - включение заголовка в выдачу

samtools sort aln.bam aln_sorted — сортировка

samtools index aln_sorted.bam — индексирование

samtools idxstats aln_sorted.bam > statistics.txt — статистика

samtools depth aln_sorted.bam > aln_cover.txt — получение данных по покрытию каждого нуклеотида

Результат:			ENA|AP000423|AP000423.1	154478	1714	0
			          ENA|Y08501|Y08501.2	366924	208	0
			          *	0	0	7856

В итоге на хлоропласт откартировалось 1714 ридов, а на митохондриальный геном - 208. Возможно, секвенировался участок из зеленой части растения, где много хлоропластов.

Последнее обновление: 16.09.2014