Из данного набора видов бактерий было выбрано 7.
| Название | Мнемоника |
| Bacillus subtilis | BACSU |
| Clostridium tetani | CLOTE |
| Clostridium botulinum | CLOB1 |
| Lactobacillus delbrueckii | LACDA |
| Listeria monocytogenes | LISMO |
| Staphylococcus epidermidis | STAES |
| Streptococcus pneumoniae | STRPN |
На основании данного филогенетического дерева была составлена "скобочная формула", описывающая филогенетическое дерево этих семи видов: ((CLOTE,CLOB1),((LACDA,STRPN),((BACSU,LISMO),STAES)));
С помощью программы Mega эта формула была визуализирована в виде филогенетического дерева:
Рис. 1. Филогенетическое дерево выбранных видов.
Ниже приведено описание нетривиальных ветвей этого дерева:
1)(LACDA, STRPN, BACSU, LISMO, STAES) vs (CLOTE,CLOB1) 2)(LACDA, STRPN) vs (CLOTE, CLOB1, BACSU, LISMO, STAES) 3)(BACSU, LISMO, STAES) vs (CLOTE, CLOB1, LACDA, STRPN) 4)(BACSU, LISMO) vs (STAES, CLOTE, CLOB1, LACDA, STRPN)
С попомщью таксономического сервиса NCBI опишем таксономическое положение каждого вида.
| Название | Мнемоника | Тип | Класс | Отряд | Семейство |
| Bacillus subtilis | BACSU | Firmicutes | Bacilli | Bacillales | Bacillaceae |
| Clostridium tetani | CLOTE | Firmicutes | Clostridia | Clostridiales | Clostridiaceae |
| Clostridium botulinum | CLOB1 | Firmicutes | Clostridia | Clostridiales | Clostridiaceae |
| Lactobacillus delbrueckii | LACDA | Firmicutes | Bacilli | Lactobacillales | Lactobacillaceae |
| Listeria monocytogenes | LISMO | Firmicutes | Bacilli | Bacillales | Listeriaceae |
| Staphylococcus epidermidis | STAES | Firmicutes | Bacilli | Bacillales | Staphylococcaceae |
| Streptococcus pneumoniae | STRPN | Firmicutes | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcaceae |
Теперь можно сказать, что нетривиальные ветви на полученном ранее дереве (рис. 1) соответствуют реальным таксонам:
1)(CLOTE,CLOB1) относятся к одному семейству Clostridiaceae 2)(LACDA, STRPN) относятся к одному отряду Lactobacillales 3)(BACSU, LISMO, STAES) относятся к одному отряду Bacillales
Двое из выбранных организмов относится к классу Clostridia, остальные - к классу Bacilli, из них 2 к отряду Lactobacillales и 3 к отряду Bacillales. Внутри каждого из отрядов (кроме Clostridiales) все виды принадлежат к разным семействам.
С сайта Uniprot были вяты последовательности в формате fasta пептидил-тРНК гидролаз семи выбранных видов бактерий. Эти последовательности были выровнены программой MUSCLE, выравнивание визуализировано в программе Jalview, раскрашено по проценту identity и переведено в формат блоков.
Было получено выравнивание в fasta-формате и само дерево в Newick-формате.
Сравним топологию дерева с правильным (полученного ранее).
| "Правильное" дерево | Реконструированное дерево методом "Neighbor Joining Using % Identity" |
|
 |
Видно, что реконструированные деревья не так уж сильно отличаются от правильного.
Новое дерево вообще можно получить из правильного переукоренением в ветвь (CLOTE,CLOB1).
Последнее обновление: 9.05.2015