String


Четвертый семестр

Главная



Геномное окружение. База данных String.

Выданный мне в 1-м семестре белок: Калий связывающий белок из бактерии Bacillus subtilis (идентификатор записи банка SwissProt: KTRA_BACSU) нашелся в базе данных STRING.

Для него был проведен поиск различного рода взаимодействий в этой базе, полученный граф представлен на рисунке 1.

Рис 1. Граф, показывающий взаимодействия белка KTRA_BACSU с другими белками.

Линии разных цветов показывают разные типы взаимодействий:

  • зеленым показано соседство в геноме

  • синим - совместная встречаемость

  • черным - cовместная экспрессия

  • филетовым - экспериментально подтвержденные взаимодействия

  • желтым - взаимодействия, показанные в некоторых работах

    • Кружочками разного цвета показаны разные белки:

  • светло-розовым показан белок ktrB: B-субъединица калиевой АТФазы KtrAB

  • зеленым показан белок ktrD: D-субъединица калиевой АТФазы KtrCD

  • берюзовым показан белок ydaO: транспортер метаболитов

  • голубым показан белок yubF: гипотетический белок

  • синим цветом показан белок yybP: липопротеин

    • Далее был проведен анализ геномного окружения данного белка. Дерево, отображающее геномное окружение в грамположительных бактериях, полученное средствами базы данных String, показано на рисунке 2. Bacillus subtilis принадлежит к типу Firmicutes, классу Bacilli.

    Рис 1. Дерево организмов (протеобактерий), отражающее геномное окружение данного белка.

    Разными цветами показаны разные гены:

  • желтым на рисунке помечено TrkH семейство белков, связывающих калий

  • красным - TrkA N-концевой домен содержащий белок

  • зеленым - TrkH калий связывающий белок

    • Полное дерево.

    Рис 1. полное дерево

    Далее был построен график совместной встречаемости (co-occurance) для данного белка, для которого были взяты организмы с точностью до филума (рис. 3)

    Рис 1. График частот совместной встречаемости генов. Цвет квадратиков меняется от белого через красный до черного, что отражает соответственно более низкую или более высокую встречаемость. Полные квадратики означают, что ген часто встречается целиком, неполные - только какой-либо мотив.

    Исходя из полученных данных, можно сказать, что данный белок входит в комплекс с B-субъединицой калиевой АТФазы KtrAB, а также с KtrD (рис. 1 и 3).

    Почему String не показал взаимодействие с KtrС – не понятно.

    С остальными белками связь менее очевидная, хотя в некоторых работах были показаны взаимодействия исследуемого белка с ними.

    © Рябых Григорий, 2015

    Последнее обновление: 3.05.2015