Поиск в PDB


Седьмой семестр

Главная



У базы данных PDB имеется расширенный поиск.

Выполнил поиск структур филаментов со следующими параметрами: метод получения структур - электронная микроскопия (EM Assembly); был выставлен порог, чтобы не оставалось белков со сходством выше 50% идентичных остатков.

Если ограничить спектр представленных организмов ТОЛЬКО человеком разумным, остается 16 записей PDB.

Окончательно запрос выглядит так:

EmAssemblyQuery: em_assembly.aggregation_state.value=FILAMENT and TAXONOMY is just Homo sapiens (human) and TAXONOMY is only just Homo sapiens (human)

Я сохранил сводную таблицу полученных записей и fasta-файл с их последовательностями.

Структуры этих белков доступны здесь.


© Рябых Григорий, 2016

Последнее обновление: 7.12.2016