Поиск и анализ структурных гомологов 2HMV

С помощью PDBeFold были найдены структурные гомологи калий захватывающего белка А из Bacillus subtilis (структура 2HMV). Были отобраны следующие гомологи: 1lnq_A, 2hms_A, 4j7c_F, 4j90_A. Пространственное совмещение этих структур с 2HMV покзано на рисунке 1.

Рис. 1. Разное представление множественного структурного выравнивания структурных гомологов 2HMV (сверху) и структуры гомологов по отдельности (снизу). Структура 2HMV показана снизу справа (зеленым цветом).

На рисунке 1 цветами показаны области, которые выровнялись во всех структурах.

Сервис PDBeFold также выдаёт выравнивание последовательностей, соотвествующее выравниванию структур (рис. 2). Можно сравнить это выравнивание с выравниванием, построенным исключительно по последовательностям, например, программой MUSCLE.

Рис. 2. Множественное выравнивание, соотвествующее выравниванию структур, полученное PDBeFold (сверху), и выравнивание, построенное программой MUSCLE (снизу). Выравнивания визуализированы через Jalview, раскраска ClustalX.

Множественное выравнивание, полученное программой MUSCLE, в консервативной части практически не отличается от выравнивания, построенного по структурному совмещению. Это не удивительно, так как в этой части почти нет гепов и лишь 1 структурный гомолог имеет отличную от других аминокислотную последовательность.

Различия в выравниваниях имеются в N и C концевых областях. Очевидно, что пространственное выравнивание лучше отражает гомологию остатков, так как N-концевой домен 1lnq_A имеет длину 80 аминокислотных остатков, а не 57.

Гибкое совмещение

У структуры 1lnq_A С-концевой домен не был выровнен с другими, который был очень похож, например, у 4j90_A. При построении гибкого совмещения методом jFatCat_flexible они прекрасно наложились друг на друга (рисунок 3).

Рис. 3. Гибкое пространственное совмещение структур 1lnq_A и 4j90_A (слева);
жесткое пространственное совмещение структур 1lnq_A и 4j90_A (справа).

Последнее обновление: 10.01.2017