Поиск гидрофобных кластеров

Для работы снова использовалась структура 2HMV (калий захватывающий белок А из Bacillus subtilis). Для поиска гидрофобных кластеров использовалась программа Clud с применением разных параметров.

При запуске по умолчанию (пороговое расстояние составляет 5.4Å). Найденный гидрофобный кластер включает в себя почти весь белок (561 атом углерода) (рисунок 1). Это не может быть истинным гидрофобным кластером, так как большая доля отмеченных атомов экспонирована в раствор.

Рис. 1. Поверхность гидрофобного кластера (красный), который был детектирован Clud в структуре 2HMV при высоком пороге расстояния (выбранном по умолчанию): 5.4Å.

На рисунке 2 приведен результат детекции гидрофобных кластеров с порогом 4.0Å. В них вовлечено на порядок меньшее количество атомов, и располагаются они преимущественно между α-спиралями белка.

Рис. 2. Кластеры, найденные Clud в структуре 2HMV с порогом 4.0Å

Пример гидрофобного участка взаимодействия белка и нуклеиновой кислоты приведен на рисунке 3.

Шариковой моделью изображены атомы, входящие в предсказанный гидрофобный кластер взаимодействия.

На всю площадь контакта (см. практикум "Построение поверхности белка" рисунки 2 и 3) это всего лишь несколько атомов.

Рис. 3. Участок взаимодействия пуринового репрессора с ДНК.
Красным показаны гидрофобные атомы, принадлежащие области контакта ДНК и димера.

© Рябых Григорий, 2016
Последнее обновление: 10.01.2017