Визуализация молекулы в JMol

J(S)Mol апплет

Ссылка на скрипт: script1.spt

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
#	Имена атомов	Длина связи (A)	Угол N-O-C (°)
Альфа-спирали
1	N(636LEU)-O(633LEU)	2.88	117.7
2	N(639LYS)-O(636LEU)	2.92	121.9
3	N(638ALA)-O(635GLY)	3.24	130.3
4	N(637LYS)-O(634THR)	3.39	118.4
5	N(634THR)-O(630LEU)	2.89	163.6
6	N(630LEU)-O(626ASP)	3.04	153.9
7	N(633LEU)-O(629ASN)	2.76	161.0
8	N(635GLY)-O(631ALA)	2.86	144.0
9	N(631ALA)-O(627GLU)	3.07	154.7
10	N(632TYR)-O(628SER)	2.82	153.4
11	N(629ASN)-O(625PRO)	2.89	160.8
Бета-тяжи
1	N(1306ARG)-O(1371THR)	2.97	160.4
2	N(1371THR)-O(1306ARG)	2.77	160.3
3	N(1308TRP)-O(1369PHE)	3.04	158.6
4	N(1369PHE)-O(1308TRP)	3.06	162.7
5	N(1368THR)-O(1361ASN)	3.14	142.2
6	N(1361ASN)-O(1368THR)	3.03	158.4
7	N(1370ILE)-O(1359LEU)	2.89	139.8
8	N(1359LEU)-O(1370ILE)	2.92	144.1
9	N(1360TYR)-O(1347THR)	3.03	156.8
10	N(1347THR)-O(1360TYR)	3.06	143.4
11	N(1356ALA)-O(1351ASP)	3.21	143.0

В представленной выше таблицы отображены данные о водородных связях альфа-спирали и бета-тяжа, измеренные с помощью программы JMol (PDB идентификатор: 5GZU). Длины водородных связей альфа-спирали и бета-тяжа лежат в одинаковом диапазоне: от 2.76 до 3.39 ангстрема. Однако угловые значения в альфа-спирали и бета-тяже различаются. Углы в альфа-спирали колеблются от 144.0° до 163.6°, исключая первые 4 угла, которые равны 117.7°, 121.9°, 130.3° и 118.4°. В то же время значение углов в бета-тяже имеют небольшой разброс: от 139.8° до 160.4°. Из этого можно сделать вывод, что водородные связи в бета-тяже несколько устойчивей связей в альфа-спирали.

[назад]