Выравнивание в Jalview.

Задание 1.

Рисунок 1. Фрагмент выравнивания с отмеченными типами консервативности.

Name	Длина выравнивания	Число гэпов	Доля гэпов(%)	Абсолютно консервативные позиции	Доля(%)	Консервативные позиции на >=70%	Доля(%)	Функционально консервативные позиции	Доля(%)
DNAK_HALLT	702	58	8.3	165	23.5	229	32.6	280	39.9
DNAK_HALMA	702	67	9.5	165	23.5	229	32.6	280	39.9
HSCA_ACIF2	702	81	11.5	165	23.5	229	32.6	280	39.9
HSCA_ACIF5	702	81	11.5	165	23.5	229	32.6	280	39.9
HSP70_THEAN	702	56	8.0	165	23.5	229	32.6	280	39.9
HSP70_THEPA	702	55	7.8	165	23.5	229	32.6	280	39.9
Таблица 1. Параметры выравнивания.

Комментарии.

Для выравнивания было выбрано 6 последовательностей гомологичных белков - 2 архей, 2 бактерий и 2 эукариот.

На рисунке 1. F - колонки, содержащие абсолютно функционально консервативные позиции, то есть такие позиции, на которых стоят остатки, обладающие схожими биохимическими свойствами. C - позиции консервативные на 80% или более, G - позиции с гэпами.

Из таблицы 1. видно, что фцнкуионально консервативные позиции занимают около 40%, когда как абсолютно консервативные позиции - почти в два раза меньше. Это говорит о необходимости сохранения определенных аминокислотных остатков в белках в течении эволюции, так как они могут отвечать за важнейшие функции, выполняемые молекулой.

Задание 2.

Рисунок 2. Выравнивание без исправлений.

Комментарии:

На рисунке 2. представлено выравнивание восьми последовательностей, каждая из которых является результатом внесени 7 точечных мутаций в предыдущую (не считая первой последовательности).

Мутации:

p0 -> p1: позиция 19, вставка фенилаланина (F).

p0 -> p1: позиция 20, замена фенилаланина (F) на гистидин (H).

p1 -> p2: позиция 3, делеция аланина (A).

p6 -> p7: позиция 39, делеция изолейцина (I).

p5 -> p6: позиция 110, замена валина (V) на гистидин (H).

p2 -> p3: позиция 67, замена аспарагина (N) на гистидин (H).

p5 -> p6: позиция 66, вставка глутамата (E).

p0 -> p1: позиция 20, замена фенилаланина (F) на гистидин (H).

p2 -> p3: позиция 90, вставка серина (S).

p6 -> p7: позиция 83, вставка валина (V).

Рисунок 3. Выравнивание c исправлениями.

Исправления:

Вставка гэпа на 93(94) позицию в первых трех последовательностях. Так как программой было задано производить по 7 мутаций в поколение, а при смене второго поколоения на третье мутаций произошло больше, мне показалось, что на упомянутой позиции должен стоять гэп.

Вставка гэпа в 39(40) позицию в последней последовательности. Причина такая же, что и в первом пункте.

Bash - скрипт.

[назад]