Оптимальное парное выравнивание.

Задание 1. Сравнение глобального и локального выравнивания пары гомологичных белков.

Рисунок 1. Фрагмент выравнивания с помощью needle (глобальное выравнивание).

Скачать выравнивание. (jvp) (fasta)

Рисунок 2. Фрагмент выравнивания с помощью water (локальное выравнивание).

Скачать выравнивание. (jvp) (fasta)

Выравнивание	Длина	Число гэпов	Доля гэпов(%)	Абсолютно консервативные позиции	Доля(%)	Функционально консервативные позиции	Доля(%)	Индели
Глобальное	687	43	6.3	239	34.8	345	50.2	103
Локальное	593	29	4.9	236	39.8	339	62.9	18
Таблица 1. Сравнение глобального и локального выравнивания.

Матрица	EBLOSUM62
Штраф за открытие инделя	10.0
Штраф за удлинение инделя	0.5
Штраф за концевые гэпы	10.0
Таблица 2. Характеристика матрицы.

Комментарии.

В таблице 1. представлены данные глобального и локального выравнивания. Из них видно, что локальное выравнивание имеет меньшую длину, это связано с отсутствием у него концевых гэпов. И в итоге получается, что не сомтря на почти равное количественное соотношение консервативных и функционально консервативных позиций в глобальном и локальном выравнивании, их процент больше в локальном выравнивании.

Задание 2. Сравнение локального выравнивания пары гомологичных белков и пяти пар не гомологичных белков.

Скачать выравнивание. (jvp) (fasta)	Скачать выравнивание. (jvp) (fasta)

Рисунок 2. Первое выравнивание.	Рисунок 3. Второе выравнивание.

Скачать выравнивание. (jvp) (fasta)	Скачать выравнивание. (jvp) (fasta)

Рисунок 4. Третье выравнивание.	Рисунок 5. Четвертое выравнивание.

Скачать выравнивание. (jvp) (fasta)

Рисунок 6. Пятое выравнивание.

Не гомологичные	Идентификатор	Длина	Число гэпов	Доля гэпов(%)	Абсолютно консервативные позиции	Доля(%)	Функционально консервативные позиции	Доля(%)	Индели
	ALV04537.1/BAC73082.1	12	0	0	5	41.7	7	58.3	0
	ALV04537.1/ALV02457.1	97	14	14.3	21	21.7	39	40.2	37
	ALV04537.1/AMA60095.1	203	34	16.7	41	20.2	74	36.4	95
	ALV04537.1/BAC68787.1	553	203	36.7	110	19.9	166	30.0	277
	ALV04537.1/AMA59514.1	199	42	21.1	39	19.6	68	34.2	92
Гомологичные (данные из задания 1.)	DNAK_HALLT/HSCA_ACIF2	593	29	4.9	236	39.8	339	62.9	18
Таблица 3. Сравнение локального выравнивания гомологичных и не гомологичных пар белков.

Комментарии.

В таблице 3. представлены данные сравнения локального выравнивания гомологичных и не гомологичных белков.

В выравнивании негомологичных последовательностей сильно сокращены длины самих последовательностей. Это связано с тем, что локальное выравнивание оставляет в первую очередь наиболее гомологичные куски, отбрасывая неродственные участки.

Доля абсолютно консервативных и функционально консервативных позиций заметно снижена почти во всех выравниваниях негомологичных белков.

Число инделей в негомологичном выравнивании заметно выше, чем выравнивании гомологов.

Задание 3. Сравнение трех разных выравниваний одной и той же пары белков, построенных разными программами.

Рисунок 7. Фрагмент выравнивания с помощью трех разных программ.

Скачать выравнивание. (jvp) (fasta)

Комментарии.

На рисунке 7 представлен фрагмент выравнивания пары DNAK_HALLT/HSCA_ACIF2 3-мя разными программами. 1-ая пара - выравнивание из 10 практикума, 2-ая пара - выравнивание needle, 3-ья пара - выравнивание water.

По моему мнению самым правдоподобным является выравнивание из 10 практикума, так как оно не выбрасывает кусков, которые кажутся программе не родственными, а значит не может получится так, что выравнивание двух негомологичных последовательностей будет похоже на выравнивание родственных последовательностей. Глобальное выравнивание скорее подходит для выравнивания нескольких плоследовательностей, так как иначе оно выглядит неправдоподобно (сложно проследить эволюцию).

Различия:

В выравнивание практикума 10 Met1 первой последовательности гомологичен Met1 другой последовательности. В needle Met1 гомологичен Leu20. В water этот метионин вовсе отсутствует.

В выравнивание практикума 10 Ile6 первой последовательности гомологичен Ile6 другой последовательности. В needle Ile6 сопаставлен гэпу. В water эта часть с изолейцином отсутствует.

В выравнивание практикума 10 Asp10 первой последовательности гомологичен Asp25 другой последовательности, как и в needle. В water Asp25 гомологичен Asn25.

[назад]