Поиск по сходству.

Задание 1.

Мой белок: ALV04537.1
ACNameCoverage(%)Idenity(%)E-value Гомологичность
P20533.1 Chitinase A170243e-10Да
P36362.1 Endochitinase43262e-09Да
Q9BZP6.1 Acidic mammalian chitinase54273e-09Да
Q9WTV1.3 Chitinase-3-like protein 151261e-07Да
P29030.1Endochitinase51234e-06Да
Q28542.1 Oviduct-specific glycoprotein45275e-05Да
Q9LAP7.1 Alpha-agarase27303е-04Нет
P27050.4 Chitinase D27300.002Нет
D4AVJ0.2 Probable class II chitinase ARB_0020419285.7Нет
Таблица 1. Параметры последовательностей.

Фрагменты выравниваний с блоками
Рисунок 1.Рисунок 2.
Рисунок 3.Рисунок 4.

Комментарии.

    На всех рисунках первая последовательность - исходная, поэтому она "не считается" (нулевая).

  • На рисунке 1. красным пунктиром выделен блок, охватывающий первые семь последовательности, включая исходную, с 421 по 431 позицию. Основываясь на этом блоке можно считать первые 6 последовательностей гомологичными исходной. В седьмой последовательности на 421 позиции стоит пролин. В восьмой последовательности на 431 позиции стоит серин, а в девятой последовательности - гистидин. Поэтому последние три последовательности вряд ли гомологичны исходной.
  • На рисунке 2. показан блок c 756 по 759 позицию. Этот блок показывает гомологичность всех последовательностей исходной, однако он довольно маленький, поэтому, вероятно, является случайным. На этом же рисунке можно заметить блок с 756 позиции по 760, охватывающий первые 7 последовательностей, включая исходную, и доказывающий негомологичность последних трёх. Так как этот блок больше, мне он кажется более правдоподобным.
  • На рисунке 3. с блоком с 796 позиции по 806 хорошо показана гомология первых шести последовательностей и негомологичность последних трех последовательностей.
  • На рисунке 4. изоюражен блок, охватывающий позиции с 907 по 918. Видно, что последние три последовательности сильно выпадают из общего ряда, поэтому они скорее всего негомологичны. Все остальные последовательности гомологичны.

    В итоге: по моему мнению, первые шесть последовательностей гомологичны исходной, а последние три нет.

    Скачать JalView.
Задание 2.

Рисунок 5. Карта локального сходства. (по оси x - ALV04537.1, по оси y - Q8GJ44.2)

  • Для выравнивания были выбраны два белка: ALV04537.1 и Q8GJ44.2. Данный белок был выбран среди находок, так как число совпадающех участков у него с исходном было равно 2, что показалось мне интересным.
  • Длина слова - 2, порог E-value - 1.0E-5.
  • Крупных дилеций здесь всего одна, и в белке ALV04537.1 она произошла на участке между 400 и 410 а. к. о., а в белке Q8GJ44.2 на участке между 400 и 500 a. к. о. Остальные дилеции участков последовательностей незначительны.
  • Начало и конец последовательностей гомологичны, причем белок Q8GJ44.2 длиннее примерно на 200 а. к. о.
  • Самым интересным является дупликация одного из участков начального белка, а также утроение другого его участка в белке Q8GJ44.2.
  • Буквенное изображение последовательностей:
    ALV04537.1ABCD
    Q8GJ44.2ABCBCCD

    Где A и D - соответственно начало и конец последовательностей, а B и С - дублированный участок (примерно около 340 а. к. о.) и утройненный участок (примерно с 345 и до 448 а. к. о.).

[назад]

© Бартыш Катя