Алгоритм множественного выравнивания Pfam.

Задание 1.

Рисунок 1. Фрагменты двух выравниваний с помощью разных программ.

Комментарии.

Для выравнивания использовались последовательности 4 гомологичных белков из практикума 12.
На рисунке 1. : слева выравнивание с помощью программы Tcoffee, справа - Mafft.
Первое отличие - положение первого метионина. Tcoffee определил Met1 всех последовательностей в гомологи друг к другу и поставил на первую позицию. Mafft оставил только Met1 второй последовательности на первой позиции. Met1 первой последовательности он определил в гомологи Phe16 второй последовательности и Phe13 третьей последовательности. Met1 четвертой последовательности программа Mafft вовсе сдвинула на 92 позицию.
Второе заметное отличие - Tcoffee определил Arg8 первой последовательности, Lys11 второй последовательности и Arg8 третьей последовательности в качестве гомологов. Программа Mafft опять же разбросала эти остатки по совершенно разным позицияим.
Скачать JalView. (Tcoffee) (Mofft)

Задание 2.

Описание трёх доменных структур, содержащих гликозил-гидролазу 18.

1. Доменная структура белка X0LG33.

Данный белок включает в себя один домен - собственно гликозил-гидролазу 18. Она катализирует гидролиз гликозидных связей в молекулах углеводов, в результате чего образуются более мелкие молекулы углеводов. На рисунке изображена кристаллическая структура обыкновенной хитиназы, содержащая данную структуру.

2. Доменная структура белка W5JB34.

Данный белок включает в себя 2 домена - гликозил-гидролазу 18 и углевод-связывающий модуль 14. Модуль играет ключевую роль в "переработке" углерода, который фиксируется во время фотосинтеза. Также он может распозновать разные формы целлюлозы. На картинке изображена отдельная структура модуля.

3. Доменная структура белка G7X7W4.

Данный белок включает в себя 2 домена - гликозил-гидролазу 18 и ЛизМ (LysM). Эта структура участвует в разрушение стенки клетки бактерий. На рисунке изображена структура бактерии E. coli вместе с LysM.

[назад]