| 1. Гидрофобное ядро.
В составе данного белка находятся два очень похожих друг на друга гидрофобных ядра. Первое, отмеченное бирюзовым цветом, содержит 159 атомов, и это примерно 8,18% от общего количества всех атомов. Второе ядро, покрашенное в розовый цвет, содержит 162 атомов, что составляет примерно 8,3%.
Интересно, что самые большие гидрофобные ядра содержат малое количество атомов, однако на поверхности белка все равно имеются гидрофобные участки. |
2. Плотность упаковки атомов в гидрофобном ядре.
Был рассмотрен остаток PHE72 на цепи A. Минимальное расстояние от него, на котором расположены атомы, полностью покрывающие поверхность составляет 5 ангстрем. Расстояние между соседними не связанными ковалентно атомами варьируется от 1.3 до 3.4 ангстрема.
Максимальное расстояние - 3.44 ангстрема - между атомом углерода тирозина ( ван-дер-ваальсов радиус 1.85 ангстрема) и атомом азота фенилаланина ( ван-дер-ваальсов радиус 1.54 ангстрема) [1]. Тогда, если вычесть из максимального расстояния между атомами их радиусы, мы получим 0,05 ангстрема,
что меньше ван-дер-ваальсова радиуса кислорода, а значит молекула воды между ними поместиться не может. |
