Анализ крупных перестроек геномов.

 Задание 1.

Выбор геномов.

Было выбрано 3 генома бактерии Legionella c соответствующими AC:

  • CP016876.1
  • CP003024.1
  • CP003730.1

    •  Задание 2.

    Параметры выравниваний.

    Общее покрытие геномов гомологичными участками:

  • CP016876.1/CP003024.1 : 72%
  • CP003024.1/CP003730.1 : 77%
  • CCP016876.1/CP003730.1 : 85%

    • Сходство на гомологичных участках:

  • CP016876.1/CP003024.1 : 98%
  • CP003024.1/CP003730.1 : 99%
  • CCP016876.1/CP003730.1 : 98%

    •  Задание 3.

    Карты локального сходства.

    Рисунок 1. карта локального сходства CP016876.1/CP003024.1
    Видна инверсия участка на расстоянии 3М. Также заметны мелкие делеции на расстоянии до 1.5М (все значения относятся к оси х). Еще одна крупная перестройка - изменение порядка участков. Участок CP016876.1 от 0 до 1.45M соответствует участку CP003024.1 от 1.7M до конца. И участок CP016876.1 от 1.45M и до конца соответствует участку CP003024.1 от 0 до 1.7M соответственно.


    Рисунок 2. карта локального сходства CP003024.1/CP003730.1
    Видны небольшие делеции на протяжении всей длины и одна значительная на расстоянии 2.5М (по оси x).


    Рисунок 3. карта локального сходства CCP016876.1/CP003730.1
    Заметны инверсия на расстоянии 1.7М и делеция на 2.4М (по оси х).

    [назад]
    © Бартыш Катя