Сборка генома de novo.

Подготовка чтений.

После удаления адаптеров: Input Reads: 8098979 Surviving: 7937705 (98,01%) Dropped: 161274 (1,99%)
После очистки: Input Reads: 7937705 Surviving: 7248100 (91,31%) Dropped: 689605 (8,69%)

Подготовка k-меров и сборка генома.

N50 = 25027
Информация о самых длинных контигах
IDДлинаПокрытие
1856526 40.680324
245901 38.391800
1341937 36.650929

Выравнивания контигов.

ID18:
  • Характеристика выравнивания: Max Score = 5760; Total Score = 26048; Query cover = 6%; E-value = 0.0; Ident = 78%;
  • Всего построено 11 выравниваний с такими координатами: [16263:25352] [12776:13253] [9449:12619] [7172:9371] [4752:6582] [1:3733] [51214:56171] [44413:44681] [ 42212:44268] [34796:42106] [28514:34566]
  • Гэпы: от 0 до 3%; Expect: 0; Identities: от 76 до 85%; Strand (+/-)
  • Контиг лег на участок ДНК в обратном направлении. Контиг разделился на две части, которые целиком (с некоторыми изменениями) легли на ДНК.

    ID2:
  • Характеристика выравнивания: Max Score = 4741; Total Score = 16278; Query cover = 4%; E-value = 0.0; Ident = 78%;
  • Всего построено 5 выравниваний с такими координатами: [18491:26575] [13425:18279] [28555:35954] [6942:13394] [2:389]
  • Гэпы: от 0 до 3%; Expect: от 0 до 3e-111; Identities: от 76 до 85%; Strand (+/-)
  • Контиг лег на участок ДНК в обратном направлении. На этот участок ДНК лег не весь контиг (при этом с некоторыми изменениями).

    ID13:
  • Характеристика выравнивания: Max Score = 3349; Total Score = 17169; Query cover = 4%; E-value = 0.0; Ident = 78%;
  • Всего построено 9 выравниваний с такими координатами: [83: 5331] [17393:21497] [21886:25997] [30166:34695] [26897: 30017] [13561:16246] [7026:9985] [5690:6580] [16685:17345]
  • Гэпы: от 1 до 4%; Expect: от 0 до 1e-134; Identities: от 76 до 81%; Strand (+/+)
  • Контиг лег на участок ДНК в прямом направлении. Контиг лег на ДНК целиком (с некоторыми изменениями).
  • [назад]

    © Бартыш Катя