Чтение последовательностей по Сэнгеру.

 Задание 1.

Характеристика хроматограммы:

  • Длина начального нечитаемого участка для прямого прочтения - 18 нуклеотидов. Для обратного - 36. Длина конечного нечитаемого участка в прямом прочтении - 4 нуклеотида. В обратном прочтении такой участок отсутствует.
  • Отношение сигнала и шума примерно - одиннадцать к одному.
  • В обоих прочтениях сила шума довольно низкая по всей длине последовательности. В прямом прочтении она почти приближается к нулю. В прямом протчении сила сигнала достаточно равномерна, как и в обратном, однако в обратном немного больше пиков с большой силой сигнала.
  • В обоих прочтениях присутствует по одному неконцевому участку с размытыми или накладывающимися друг на друга пиками.
  • Первое прочтение оказалось длинее второго прочтения на несколько десятков нуклеотидов.

    • FastaПрямая Обратная
    JalviewВыравнивание
    Исходные файлыWS2980_H3_F_A03_2013-06-11-22-09-18.ab1 WS2980_H3_R_A04_2013-06-11-22-09-18.ab1

    Примеры проблемных нуклеотидов или полиморфизмов:
    Рисунок 1.
    В прямом прочтении на 13 месте стояла N. В обратном прочтении на этом месте был однозначно определен аденин, поэтому я вставила его в прямое прочтение. В прямом прочтении отсутствует 14 аденин, из-за чего пик выглядит размытым. В нижнем прочтении он присутствует, и пик выглядит правильно, поэтому я вставила его в верхнее прочтение.
    Рисунок 2.
    В прямом прочтении на 60 месте стояла N. В обратном прочтении на этом месте был однозначно определен гуанин, поэтому я вставила его в прямое прочтение.
    Рисунок 3.
    Полиморфизм на 166 месте, так как силы сигналов цитозина и тимина практически совпадают.
    Рисунок 4.
    Полиморфизм на 238 месте, так как силы сигналов гуанина и аденина практически совпадают.

     Задание 2.

      На рисунке 5. изображен пример нечитаемого фрагмента хроматограммы. Виден очень высокий пик, причиной возникновения которого могло стать пятно краски. На этой же картинке (левее пика) изображен еще один нечитаемый фрагмент с шумами. Их причиной могли стать сразу несколько событий: праймер для секвенирования мог отжечься на двух разных участках, либо это сигналы сразу двух фрагментов исходной ДНК (возникшие при ПЦР).

    Рисунок 5.
    [назад]
    © Бартыш Катя