Трансмембранные белки
| Описание белка 1P49 Steryl-sulfatase | |
| Толщина гидрофобной части | 29.6 ± 1.1 Å |
| Координаты трансмембранных спиралей | 1(183-206), 2(213-232) |
| Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали | 19 |
| Локализация | Мембрана эндоплазматического ретикулума |
| Изображение белка 1P49 Steryl-sulfatase |
 |
| Описание белка 1I78 Outer membrane protease OmpT | |
| Толщина гидрофобной части | 26.5 ± 1.6 Å |
| Координаты трансмембранных бета-тяжей | 1(11-20), 2(50-61), 3(64-72), 4(111-121), 5(126-136), 6(178-187), 7(192-201), 8(230-240), 9(245-254), 10(287-296) |
| Среднее количество остатков в одном бета-тяже | 9 |
| Локализация | Внешняя мембрана грам-отрицательных бактерий |
| Изображение белка 1I78 Outer membrane protease OmpT |
 |
| Выдача программы TMHMM |
 |
| На графике: по оси x - номера АК остатков, по оси y - вероятности. Красным цветом обозначены трансмембранные части, синим - части внутри цитоплазмы, розовым - части снаружи от мембраны. Программа предсказала обе спирали, 2 наружние и 1 внутреннюю часть, что частисно совпадает с данными OPM. Однако, для спиралей существует погрешность в координатах - 20 аминоксилотных остатков. По моему мнению, это серьезная погрешность. |
| Выдача программы Phobius |
 |
| На графике: по оси x - номера АК остатков, по оси y - вероятности. Cерым цветом обозначены трансмембранные части, зеленым - части внутри цитоплазмы, синим - части снаружи от мембраны, красным - сигнальные пептиды. Программа предсказала обе спирали, 1 наружнюю и 2 внутренние части, что совпадает с данными OPM. Для спиралей также существует погрешность в координатах - 19-20 аминоксилотных остатков. |
| Обе программы справились не очень хорошо, так как в обоих случаях присутствуют сильные погрешности в координатах. Однако Phobius справился лучше, так как правильно предсказал все части. |
| База данных TCDB |
| Белок 1P49 в базе не представлен. |
| TCID код для 1I78: 9.B.50.1.1; 9 - белки с неполностью охарактеризованными транспортными системами (Incompletely Characterized Transport Systems); B - предположительно транспортные белки (Putative transport proteins); 50 - Эндопротеаза наружной мембраны бета-тяжа (The Outer Membrane Beta-barrel Endoprotease, Omptin (Omptin) Family); информация о субстрате отсуствтует. |
© Бартыш Катя