Поиск сайта связывания транскрипционного фактора.

Организм:Pasteurella Multocida
Аннотированных записей:12
Выбранный штамм:Pm70
Uniprot-мнемоника:PASMU
AC EMBL генома:AE004439

Выбранные белки:
EntryEntry nameProtein nameGene nameUpstream coordinates
Q9CLZ5PURT_PASMUFormate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase purT pur, PM1053сomplement(1243304..1243403)
Q9CLW4PUR4_PASMUPhosphoribosylformylglycinamidine synthase purL PM1085complement(1282118..1282217)
P57889PURA_PASMUAdenylosuccinate synthetase purA PM09381107032..1107131
Q9L6B7IMDH_PASMUInosine-5'-monophosphate dehydrogenase guaB PM0295complement(339027..339126)
Q9L6B8PUR1_PASMUAmidophosphoribosyltransferase purF PM0701complement(818517..818616)
Q9CJR1FOLD_PASMUBifunctional protein FolD folD PM19332170966..2171065
P57829PUR2_PASMUPhosphoribosylamine--glycine ligase purD PM0224249572..249671
Q9CNX8GUAA_PASMUGMP synthase [glutamine-hydrolyzing] guaA PM0293complement(336110..336209)

fasta с upstream-регионами:pattern.fasta
MEME-html:meme.html
Все результаты:results

Было получено 3 мотива, и все они имеют E-value >> 0.001. Первый мотив можно назвать консервативным, так как он содержится в 7 из 8 последовательностей. Также первый мотив имеет довольно высокое информационное содержание и энтропию.

[назад]

© Бартыш Катя