Реконструкция эволюции доменной архитектуры
| Описание выбранного домена. | |
| AC: | PF05345 |
| ID: | He_PIG |
| Putative Ig domain. Это семейство схоже по функциям с доменами PF02639 и PF02638, которые относятся к семейству бактериальных гликозилгидролазоподобных белков. | |
| Ccылка на страницу домена. | |
| Ccылка на страницу доменных архитектур с этим доменом. | |
| проект JalView (jvp) | |
| проект JalView (fasta) | |
| Выбранные архитектуры. | |
 |
| Помимо выбранного домена первая архитектура содержит следующие домены: FTP (PF07504), Peptidase_M4 (PF01447), Peptidase_M4_C (PF02868), P_proprotein (PF01483). | |
| Помимо выбранного домена вторая архитектура больше ничего не содержит. | |
| Ссылка с финальной таблицей. | |
| Были выбраны две группы, относящиеся к таксонам Bacteria и подтаксонам Streptomycelates и Pseudonocardiales. | |
| Ссылка на проект с выравниванием выбранных AC. | |
| Наблюдается множество гэпов в обеих архитектурах. Было удалено много пустых колонок, из-за чего последовательности сильно сократились. Тем не менее наблюдается много консервативных позиций как в 1, так и во 2 архитектуре. |
| Построение филогенического дерева. | |
 |
| 1, 2 - первая и вторая архитектура. S - Streptomycelates. P - Pseudonocardiales. Метод построения - Maximum Likelihood. | |
| Ссылка на формулу. | |
| Из рисунка видно, что нет какого-то четкого деления на группы, так как и архитектуры и подтаксоны перемешаны. Из этого можно сделать вывод, что подтаксоны очень близки, однако это затрудняет анализ такого дерева. |
© Бартыш Катя