Визуализаця электронной плотности белка 3KGU
| Информация о белке 3KGU | |
| Название белка | Wild type human transthyretin (TTR) complexed with genistein |
| Разрешение | 1.85Å |
| Визуализация ЭП вокруг остова полипептидной цепи |
| Для визуализации ЭП рассматривались такие уровни подрезки, как 0.5, 1, 1.5, 2 и 3. Изображения представлены ниже. Почти вся средняя структура хорошо вписывается в карту электронной плотности, в то время как ее концы немного выходят за пределы карты, начиная с уровня подрезки 2. При уровне подрезки 3 некоторые части структуры не вписываются ни в какую карту ЭП. Переходным уровнем подрезки является значение равное 2. Раньше всего из ЭП боковых цепей уходят атомы, в цепи которых нет электроотрицательных атомов, а если они есть, то структура вписывается в ЭП лучше. Всё это может говорить о не очень хорошем качестве первичных данных. |
| 0.5 σ. |
 |
| 1 σ. |
 |
| 1.5 σ. |
 |
| 2 σ. |
 |
| 3 σ. |
 |
| Визуализация ЭП вокруг трех рахддичных аминокислотных остатков |
| Для визуализации ЭП рассматривались все те же уровни подрезки (0.5, 1, 1.5, 2 и 3). В качестве АК использовались GLU 62, PHE 64, ALA 37. Изображения представлены ниже. Как видно, в среднем, остатки вписываются в карту ЭП не очень хорошо, но терпимо. |
| GLU 62 | ||||
| 0.5 σ | 1 σ | 1.5 σ | 2 σ | 3 σ |
 |  |  |  |  |
| PHE 64 | ||||
| 0.5 σ | 1 σ | 1.5 σ | 2 σ | 3 σ |
 |  |  |  |  |
| ALA 37 | ||||
| 0.5 σ | 1 σ | 1.5 σ | 2 σ | 3 σ |
 |  |  |  |  |
© Бартыш Катя