Гидрофобные кластеры (белок 3KGU)

Кластеры белка

С помощью сервиса CluD были найдены гидрофобные кластеры. При первом запросе были использованы параметры по умолчанию: порог расстояния - 5.4 ангстрема. Выдача показала наличие 11 кластеров. Самый большой - 328 атомов (оранжевый цвет). Второй самый большой кластер - 84 атома (синий цвет).

рис. 1 Гидрофобные кластеры (порог расстояния - 5.4)

Далее порог расстояния был снижен до 4.5. Нашлось всего два кластера. Один размером в 266 атома (рыжий), а другой в 61 (синий). Как видно, один занимает положение внутри димеров (покрывают бета-листы и альфа-спирали), а другой в кармане между димерами. Больший кластер соответствует домену транстиретина. -

рис. 2 Гидрофобные кластеры (порог расстояния - 4.5, показаны кластеры с количеством атомов не меньшим 20).

Затем порог расстояния был повышен до 5.7 ангстрема. Было обнаружено 3 крупных кластера: 427 атомов (рыжий) и два по 29 (голубой и розовый). Причем, оранжевый кластер образован из самых больших кластеров, которые были получены при более меньших порогах расстояния.

рис. 3 Гидрофобные кластеры (порог расстояния - 5.7, показаны кластеры с количеством атомов не меньшим 20).

Кластеры белка в комплексе с ДНК

Были построены гидрофобные кластеры для структуры 3HDD с параметрами по умолчанию. Кластеры отражают гидрофобные участки внутри ДНК и в ее взаимодействиях с белком. Самый большой кластер (рыжий) составляет 134 атома и покрывают большую часть ДНК.

рис. 4 Гидрофобные кластеры (порог расстояния - 5.4)