Белковый кристалл

Изображение кристалла

В программе PyMol был построен кристалл, который представлен на изображении ниже (сосдение асимметричесие единицы были восстановлены на расстоянии 3 Å). Красным цветом выделен начальный белок.

Рис.1 Изображение кристалла белка 3KGU

Визуализация контактов

Далее были найдены контакты между соседними белками. На рисунке 2 изображены достроенные единицы, зеленым цветом обозначены зоны их контактов с исходной молекулой на расстоянии 3.5 ангстрема, взаимодействия происходит с 4 единицами. Уникальных контактов найдено не было. На рисунке 3 изображен контакт между кислородом ALA19 исходной молекулой (покрашена фиолетовым) и азотом и углеродом TYR114 другой молекулы (покрашена зеленым). Я думаю, что взаимодейтсвие кислород-азот - это водородная связь, а кислород-углерод - автоматически найденный контакт (не несет никакого биологического). На 4 рисунке изображена водородная связь между азотом GLU66 цепи А достроенной единицы (покрашено фиолетовым) и кислородом SER46 цепи А исходной единицы (покрашено зеленым).

Рис.2 Контакты единиц с кристаллом

Рис.3 Визуализация контакта

Рис.4 Визуализация контакта

Изучение ДНК-белкового комплекса 3hdd

В следующей части практикума был рассмотрен ДНК-белковый комплекс 3hdd на предмет странностей. Его изображение представлено ниже.

Рис.5 Изображение ДНК-белкового комплекса 3HDD.

Одной из самых очевидных странностей данной структуры является длинная белковая цепь (хвост), находящаяся на картинке слева снизу. Для ее изучения была восстановлена структура кристалла. Изображение представлено ниже. Как видно на достроенном кристалле, эта "странная" цепь возникла из-за того, что изначальная картинка была обрезана, но, когда мы достроили асимметрические единицы, стало понятно, что этот кусок принадлежит достроенной цепи ДНК.

Рис.6 Изображение кристалла, построенного из ДНК-белкового комплекса 3HDD