Аннотация PDB-файла

Файл с коэффициентом заполнения < 1

С помощью Advanced search (структуры, решенные с помощью X-ray, с разрешением менее 1 ангстрема) на сайте PDB был найден белок 6MZ2. На изображении ниже представлены примеры из аннотации данной структуры с коэффициентом заполнения 0.34 (altercode - ATYR), 0.66 (altercode - BTYR). Это значит, что в 34% и в 66% структур атомы занимают разные положения соответсвенно. На рисунке 2 представлен данный остаток. На рисунке 3 изображены полярные контакты между данной АК (она выделена фиолетовым) и ее окружением. Как видно из рисунка за "раздвоение" данной АК может быть отвественен целый клубок полярных связей, причем в основном в них участвуют водороды OH групп фенольных колец и кислороды лиганда NXL301, который также имеет коэффициент заполнения меньший 1.

рис. 1 Пример файла с коэффициентом заполнения < 1

рис. 2 Пример изображение АК остатка с коэффициентом заполнения < 1

рис. 3 Полярные контакты между TYR 105 и его окружением

Нерасшифрованные АК остатки

У этого же белка в аннотациях были найдены примеры нерасшифрованных АК остатков, которые могут быть нерасшифрованы в связи с ошибкой в расшифровке файла рентгеноструктурного анализа. Изображение представлено ниже.

рис. 4 Пример аннотации нерасшифрованных АК остатков

Последовательности белка в аннотации

С помощью Advanced search (Wild type protein) был найден белок 6ECH. В нем были найдены ID последовательностей, которые были дополнительно введены для наработки белка. Они помечены как EXPRESSION TAG и представлены на изображении ниже.

рис. 5 ID последовательностей, включая те, которые были введены дополнительно (EXPRESSION TAG)

Наибольший и наименьший B - фактор

Анализ проводился для этого же белка (6ECH). В - фактор - это такое число, приписываемое атому, которое показывает насколько хорошо данный атом вписывается в имеющуюся электронную плотность (то есть, чем выше этот фактор, тем выше подвижность белка). Лучшие и худшие факторы были определены на глаз. Лучший: 97.23, атома CA лейцина. Скорее всего у него такой высокий фактор, так как он не входит в ябро белка. А худший: 29.88, атома CB фенилаланина, который входит в ядро белка.

рис. 6 Примеры максимального (картинка выше) и минимального (картинка ниже) В - фактора