Выравнивания


Табл 1. Парные глобальные выравнивания

Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
Adenine deaminase ADEC_ecoli ADEC_bacsu 853.5 34.7% 52.8% 39 14
Copper-exporting P-type ATPase COPA_ecoli COPA_bacsu 1488.0 39.9% 57.9% 94 20
Maltose O-acetyltransferase MAA_ecoli MAA_bacsu 632.0 64.3% 78.9% 3 3

Табл 1. Парные глобальные выравнивания

Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
Adenine deaminase ADEC_ecoli ADEC_bacsu 858.5 36.3% 54.9% 25 12 94.53% 96.88%
Copper-exporting P-type ATPase COPA_ecoli COPA_bacsu 1488.5 40.1% 58.1% 89 18 99.16% 98.25%
Maltose O-acetyltransferase MAA_ecoli MAA_bacsu 632.0 64.7% 79.3% 2 2 100% 99.46%

Выравнивание MAA_ecoli и ADEC_BACSU

Было проведено выравнивание белочков MAA_ECOLI и ADEC_BACSU. Глобальное выравнивание дало результат 2.6% идентичности, 5.6% похожести и 604 гэпа, т.е. они не родственны. Локальное выравнивание дало результат 17/62 (27.4%) идентичность и 26/62 (41.9%) похожесть, 11 гэпов (2 инделя). Покрытие MAA_ECOLI 30.60%, ADEC - 9.88%. Несмотря на процент покрытия у белочков есть гомологичные участки.

Множественное выравнивание

Для множественного выравнивания был выбран белок Аденин-деаминаза (ADEC). В базе Swiss-Prot нашлось 121 штука таких белков. Были выбраны ADEC_PETMO, ADEC_PARDP, ADEC_OLEA2, ADEC_META3, ADEC_ECOLU, ADEC_BACSU, ADEC_ECOLI. Выравнивание доступно по ссылке. У белков есть консервативные участки, похоже, они гомологичны. Однако, ADEC_META3 выделяется большим количеством инсерций и делеций и, возможно, не является не является гомологом по отношению к другим белкам.