Параметры семейства Candida_ALS_N

Семейство содержит 79 последовательностей в выборке seed и 202 в выборке Full. AC - PF11766; ID - Candida_ALS_N. Также выборка содержит 52 архитектуры и 15 структур. Встерачаются у 52 видов. Этот домен связывает пептиды или сахара-лиганды, что (возможно) вызывает ассоциацию клеток дрожжей. Эта функция описана у сахаромицетов, однако домен также встречается у неклассифицированных эукариот и 2 бактерий.



Выравнивание seed

Выравнивание окрашено при помощи Clustal, с долей идентичности не менее 50%. Максимальный достоверный блок, содержащий все последовательности имеет длину 12 а/к. Максимальный достоверный блок, который не содержит все последовательности - 18 а/к. Оба блока имеют мало консервативных а/к (окрашены при идентичности не менее 50%). В участке крайне мало идентичных аминокислот, а достоверные блоки очень скромные, например этот. Можно сделать вывод, что выравнивание плохо отражает эволюцию.

Доменные архитектуры

Для сравнения были взяты архитектуры с 2 флокусинами первая и с 4 Candida_ALS, по 6 последовательностей на каждую выборку. В выравнивании последовательности четко делятся на блоки по принадлежности архитектуре. Например 1-25 а/к, 56-69 а/к - по 1 блоку на каждую архитектуру, 154-181 а/к для первой архитектуры и 235-265 а/к для второй архитектуры. Эти архитектуры достоверно отличаются.