ДНК - белковые комплексы



В первом задании я использовал прошраммы einverted и RNAfold для предсказания структуры тРНК 1FFY, результаты были занесены в табл 1. Важно отметить, что программа RNAfold со своей задачей фактически не справилась, но для отчетности цифры в таблице написаны.


Табл 1. Результаты предказания структуры тРНК

Участок структуры find_pair einverted RNAfold
Акцепторный стебель 1-7/72-66 1-7/57-63 1-7/67-73
D-стебель 10-25 7-32 10-26
Т-стебель 49-65 49-57 50-66
Антикодоновый стебель 26-44 32-40 28-44
Число канонических пар 25 23 22

В 1 упражнении второго задания я использовал команды: select set1, name O*', select set2, name OP*, select set3, ((name N*) and (id 1-772)).


Во втором упражнении нужно было определить связи в ДНК и белка в комплексе 1R4O. Я измерял расстояния между атомами и делал вывод о наличии или отсутствии полярного/неполярного взаимодействия, результаты представлены в табл 2.



Табл 2. Контакты

Полярные Неполярные Всего
С остатками дезоксирибозы 1 23 24
С фосфатами 13 57 70
С ао большой бороздки 3 9 12
С ао малой бороздки 0 1 1
Число канонических пар 25 23 22

В третьем упражнении и четвертом упражнении я получил nucplot. При помощи него я определил, что больше всего контактов образует аминокислота Lys461(A) (рис 1). Аминокислота Arg466(A) образует 2 водородные связи с гаунином, значит она важна для распознования последовательности ДНК (рис 2).