БД KEGG и GO
В данном задании мне был выдан список из более 100 идентификаторов белков человека. Я решил использовать базы данных Human String и Reactome, чтобы посмотреть на граф взаимодействий и определить за какие процессы отвечают белки из списка.
Reactome
Данный сервис позволяет очень наглядно увидеть какие функции выполняют белки из списка. Выдача сервиса представлена на рис 6, а на рис 7-10 расмотрены основные группы белков. Самые большие группы - оксидазы, ферменты метаболизма нуклеотидов и drug ADME (аббревиатура от absorption, distribution, metabolism, и excretion, т.е как лекарство действует на организм). Также есть белки клеточного ответа (а конкретно регуляции антиоксидантных белков), регуляции дегрануляции нейтрофилов и интерлейкинового сигналинга.
Human String
Данный сервис позволяет позволяет посмотреть взаимодействия белков в виде графа. На рисунках 1-5 показаны графы построенные на основании источников взаимодействия. Также на рисунках указано, что почти все белки из списка имеют известную или предсказанную структуру (вершины графа с белком внутри). Как можно заметить, большинство данных о функциональных и физических связях основаны на базах данных, а коэкспрессия и экспериментальные данные почти не играют роли в структуре графа на рис 1. На рис 5 показан граф комплексов белков, большая часть белков входит в комплексы.
Графы на рисунках 1 и 4 сильно перегружены и сложны для восприятия. Это говорит, что белки действительно как то связаны, несмотря то, что они катализируют не связанные на первый взгляд реакции. Рисунок 5 показывает, что часть белков образуют довольно крупные комплексы, а часть физически взаимодействует друг с другом. Однако, это не значит, что остальные белки друг с другом не взаимодействуют, возможно, у нас пока нет соответсвующих данных.
Общий вывод: Список белков делится на несколько групп по признакам образования комплексов, физического взаимодействия и функции. Исходя из списка функций (метаболизм нуклеотидов, иммунный сигналинг и оксидазные реакции) нельзя сказать, что группы как то связаны друг с другом. То есть список белков - это брошенные в кучу 3 функциональные группы ферментов. Также есть несколько белков, которые имеют не попали в эти группы.
