Pfam_ID: BLM10_N
AC: PF16547
ID: BLM10_N
Number in seed: 56
Number in full: 507
Architectures: 14
Taxonomy: Ascomycota
BLM10_N представляет собой N-концевую упорядоченную область в BLM10. Обнаружено, что BLM10 окружает входную пору протеасомы в комплексе протеасомы и BLM10, образуя закрытый купол, который, вероятно, ограничивает доступ потенциальных субстратов. BLM10 специфически распознает ацетилированные гистоны и способствует АТФ- и убиквитин-независимой деградации ядерных гистонов в ответ на повреждение ДНК. Гомолог белка BLM10 у человека — PA200.
В выравнивании seed идентичность 100% имеют позиции 51, 71 и 79. Максимально длинный блок с высокой идентичностью (69%) — 71-75. Длинным недостоверным блоком можно считать 17-37, так как там практически нет совпадений и много гэпов. Я считаю, что выравнивание достаточно достоверно в участках 6-16 и 38-82, так как в этих участках прослеживается гомология последовательностей.
Множественное выравнивание seed в Jalview
Для сравнения доменов в разных архитектурах а выбрала первые две архитектуры (в которых соотвественно 452 и 18 последовательностей в full). С помощью скрипта Python я вытащила нужные последовательности из всех full. И так как последовательностей с первой архитектуры очень много, я удалила сходные на 90% последовательности (но их все равно осталось много). И оставшиеся выровняла с последовательностями второй архитектуры. Множественное выравнивание не выявило различий между последовательностями двух архитектур.