Структура предполагаемого регулятора транскрипции
семейства TetR

PDB_ID: 3S5R

СТРУКТУРА В ЦЕЛОМ

Данный белок — ДНК-связывающий белок, похожий по стороению на репрессор тетрациклина. Структура состоит из двух идентичных цепей (гомодимер), биологическая единица имеет такое же строение.

ОТДЕЛЬНЫЕ ЦЕПИ

Цепи выделены из бактерии Syntrophus aciditrophicus SB.

В базе Uniprot данные цепи имеют uniprot_ID: Q2LS68. Они называются регуляторами транскрипции семейства тетрациклинового репрессора (Transcriptional regulator TetR family) и выполняют функцию связывания с ДНК (dna binding). Мутаций относительно референса из Uniprot нет.

На каждой цепи присутствуют девять модификаций метионина — селенометионинов (MSE).

protein
Рис. 1. Общий вид структуры
secondary structure
Рис. 2. Вторичная структура
secondary structure of one chain
Рис. 3. Вторичная структура одной цепи
MSE
Рис. 4. Располежение селенометионинов (MSE) на цепях

МАЛЫЕ МОЛЕКУЛЫ

В записи PDB из малых молекул присутсвуют: ди(гидроксиэтил)эфир (PEG), 1,2‑этандиол (EDO) и вода (HOH).

Статья по данной структуре не опубликована, но вполне логично предположить, что данные молекулы вляются раствориелями, так как этот белок — регулятор экспрессии, а не фермент. (Также я думаю, что этот слабополярный протонный растворитель (этандиол, а эфир получился в результате реакции двух этандиолов) выбран из‑за того, что данный белок связывается с ДНК).

PEG
Рис. 5. Белковое окружение одного из трех ди(гидроксиэтил)эфиров (PEG)
EDO
Рис. 6. Белковое окружение одного из двух 1,2‑этандиолов (EDO)

ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ МЕЖДУ АМИНОКИСЛОТНЫМИ ОСТАТКАМИ

В данной структуре присутсвуют следующие типы взаимодействий: водородные связи, солевые мостики, Т‑стекинги. Дисульфидных связей нет.

salt bridge
Рис. 7. Солевой мостик между глутаматом и аргинином
hydrogen bond
Рис. 8. Водородная связь между боковым радикалом гистидина и остовом белка
hydrogen bond helix1
Рис. 9. Водородные связи остова белка (sticks)
hydrogen bond helix2
Рис. 10. Водородные связи остова белка (sticks and cartoon)
CYS
Рис. 11. Цистеины в белке
stack1
Рис. 12. Т-стекинг между двумя тирозинами
stack2
Рис. 13. Т-стекинг между триптофаном и фенилаланином

СОПРОВОДИТЕЛЬНЫЕ МАТЕРИАЛЫ