UniProt_ID: K7QWT7_THEOS
Бактерия Thermus oshimai JL-2 является денитрификатором, поэтому мне было интересно выбрать белок именно из этого метаболичекого пути. Так как в разделе "Гены участвующие в денитрификации" в статье по геному данной бактерии (Murugapiran at al., 2013) фигурируют именно нитритредуктазы, то я решила взять одну из них. В поиске на UniProt я ввела запрос на белки данно вида, катализирующие ракцию с нитритом (запрос: (organism_id:751945) AND (cc_catalytic_activity:"CHEBI:16301"), находок: 3). Больше весго мне приглянулась нитритредуктаза, катализирующая восстановление нитрита до оксида азота (NO) и содержащая катион меди.
Посмотрим распространенность ферментов данного класса c кофактором в виде катиона меди вне рода рода Thermus (запрос: (ec:1.7.2.1) AND (cc_cofactor_chebi:"CHEBI:23378") NOT (taxonomy_id:270), находок: 7023) (можно было искать просто по имени белка "Copper-containing nitrite reductase", но я заметила, что в некоторых записях похожие белки называются "Nitrite reductase, copper-containing" или еще как-нибудь, поэтому решила обобщить). Достаточно много находок, по организмам нетрудно понять, что похожие белки распространены в основном среди бактерий. Проверим, встречаются ли они среди эукариот (запрос: (ec:1.7.2.1) AND (cc_cofactor_chebi:"CHEBI:23378") AND (taxonomy_id:2759), находок: 282). Находок гораздо меньше, большую часть из них составляют грибы, но присутсвуют также и водоросли.
Так как в статье обозревались геномы двух видов - Thermus oshimai JL-2 и T. thermophilus JL-18, то интересно будет найти белки, участвующие в денитрификации у обоих видов. Но запрос по метаболическому пути не даст результатов (запрос: (organism_id:751945) AND (cc_pathway:"Nitrogen metabolism; nitrate reduction (denitrification)") OR (organism_id:798128) AND (cc_pathway:"Nitrogen metabolism; nitrate reduction(denitrification)"), находок: 0), так как эти белки плохо аннотированы и для них не прописан метаболический путь. Мы можем воспользоваться более простым поиском и найти, к примеру, все белки которые катализуруют реакцию с нитритом. Так как в одной из стадий денитрификации присутствует нитрит, мы найдем лишь некоторые белки участвующие в денитрификации (а в других метаболический путях нитрит встречается крайне редко, поэтому мы можем опустить эту погрешность). То есть мы можем найти белки продуктом или субстратом которых является нитрит, и скорее всего они будут участвовать в денитрификации (запрос: (organism_id:751945) AND (cc_catalytic_activity:"CHEBI:16301") OR (organism_id:798128) AND (cc_catalytic_activity:"CHEBI:16301"), находок: 4). Как видим, найденные ферменты являютя нитритредуктазами. У T. oshimai JL-2 три разных фермента, а у T. thermophilus JL-18 всего один. Это может говорить о том, что у T. oshimai JL-2, вероятно, более широкая способность к денитрификации, так как разные ферменты кинетически различны и/или по-разному регулируются.
Все находки актуальны на 26.03.2023