После скачивания белков Escherichia coli и Bacillus subtilis, средствами электронных таблиц и методом рандомного тыка были выбраны три мнемоники функций: DACB, MURQ, HTPG. Сделаем парные локальные и глобальные выравнивания трех пар гомологичных белков, а также пары неродственных белков и проанализируем результаты:
Белки с мнемоникой DACB, скорее всего, являются негомологичными или подверглись сильной дивергенции. Так как идентичность и схожесть в двух типах выравниваний между DACB_ECOLI и DACB_BACSU даже меньше чем в соответсвующих выравниваниях выбранной пары неродственных белков (MURQ_ECOLI и DACB_BACSU). Характеристики этих четырех выравниваний можно считать вероятностными.
Выравнивания гомологичных пар MURQ и HTPG получились с высокими процентами идентичности и схожести. Если приглядеться к выравниваниям, то можно понять, что локальное и глобальное выравнивание внутри каждой пары получились идентичными (только в локальном выравнивании программа лишь обрезала концы). Это подтверждает гомологичность этих белков.
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacB | DACB_ECOLI | DACB_BACSU | 26.5 | 13.1% | 23.7% | 313 | 25 |
| N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase | MURQ_ECOLI | MURQ_BACSU | 736.0 | 46.4% | 65.1% | 6 | 2 |
| Chaperone protein HtpG | HTPG_ECOLI | HTPG_BACSU | 1152.0 | 38.5% | 60.6% | 34 | 13 |
| nonhomologous proteins | MURQ_ECOLI | DACB_BACSU | 42.5 | 15.9% | 26.2% | 228 | 23 |
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacB | DACB_ECOLI | DACB_BACSU | 53.0 | 23.7% | 35.6% | 55 | 11 | 39.0% | 51.6% |
| N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase | MURQ_ECOLI | MURQ_BACSU | 739.0 | 47.6% | 66.9% | 0 | 0 | 99.3% | 97.4% |
| Chaperone protein HtpG | HTPG_ECOLI | HTPG_BACSU | 1154.0 | 39.0% | 61.3% | 30 | 12 | 98.6% | 99.2% |
| nonhomologous proteins | MURQ_ECOLI | DACB_BACSU | 60.0 | 29.0% | 41.9% | 28 | 6 | 35.9% | 29.6% |
Для множественного выравнивания я выбрала мнемонику HTPG, которая соответвует шаперону HtpG (Chaperone protein HtpG). На этот запрос в UniProt нашлось 305 белков в Swiss-Prot и 28,506 в TrEMBL.
Я выбрала семь понравившихся белков из Swiss-Prot, которые принадлежат разным организмам: HTPG_ECOLI, HTPG_BACSU, HTPG_CLOBH, HTPG_YERPE, HTPG_GEOSL, HTPG_HELPY, HTPG_FUSNN. Выравнивание делала в UniProt, потом перенесла его в Jalview и раскрасила колонки по проценту идентичности.
Выравнивание получилось вполне хорошее и в нем прослеживаются консервативные участки. Наиболее крупные из них: 9-45, 70-101, 121-136, 339-359, 623-630. Крупные неконсервативные участки: 185-191, 215-242, 508-537, 605-612.