Выравнивание геномов

Для этого задания я выбрала Риккетсий, и взяла первых двух по поиску "Rickettsia" в Genome NCBI: Rickettsia conorii (str. Malish 7) (нуклеотидная запись хромосомы NC_003103.1) и Rickettsia rhipicephali (str. 3-7-female6-CWPP) (нуклеотидная запись хромосомы NC_017042.1).

megablast hitmap — **Рис. 1.** Выравнивание хромосомы *R. conorii* (ось X) и хромосомы *R. rhipicephali* (ось Y) с помощью алгоритма megablast.

blastn hitmap — **Рис. 2.** Выравнивание хромосомы *R. conorii* (ось X) и хромосомы *R. rhipicephali* (ось Y) с помощью алгоритма blastn.

При анализе выравниваний можно сказать, что взяты разные точки начала отсчета в хромосомах, так как мы видим "разрыв" на участке 1,2 М. Кроме этого мы можем увидеть несколько инверсий: на участке 1230 К - 1260 К, на участке 1260 К - 40 К и на участке 1070 К - 1140 К. Примечательна также транспозиция с инверсией на участке 660 К - 740 К. Еще виден небольшой индель на участке около 790 К.

Даже на карте выравнивания с помощью megablast мы видим небольшие "шумы", но на карте выравнивания с помощью blastn их намного больше, что говорит о большом количестве повторов.