Предсказание вторичной структуры заданной тРНК и анализ НК-белкового комплекса

Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

Для тРНК (PDB: 1GTS) была предсказана вторичная структура с помощью программы einverted из пакета EMBOSS, а также с помощью алгоритма Зукера (в RNAfold).

Таблица 1. Сравнительная таблица предсказывания вторичной структуры тРНК

	Позиции в структуре (find_pair)	Результаты предсказания einverted	Результаты предсказания RNAfold
Акцепторный стебель	2-7...71-66	1-6...69-64	1-6...69-64
D-стебель	10-12...25-23	...	9-11...23-21
T-стебель	49-53...65-61	...	47-51...63-59
Антикодоновый стебель	37-44...33-26	...	29-25...37-41
Общее число канонических пар нуклеотидов	22	6	19

Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Упр. 1

Моя структура для этого задания - 1PP8. Данный скрипт задает в JMol 3 множества атомов: кислороды 2' дезоксирибозы, кислороды фосфатов и азоты азотистых оснований. А потом по очереди выделяет множества шариками.

Упр. 2

Таблица 2. ДНК-белковые контакты в 1PP8

Контакты атомов белка	Полярные	Неполярные	Всего
С остатками 2'-дезоксирибозы	1	13	14
С остатками фосфорной кислоты	7	5	12
С остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	2	4	6
С остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	2	0	2

Упр. 3 и 4

С помощью программы nucplot получена схема ДНК-белковых контактов. Остаток с наибольшим числом контактов - Lys79 (4 контакта). Но он связывается с сахарафосфатным остовом, поэтому не важен для распозвания последовательности. Важными для распознавания последовательности являются Lys25 и Asn81 (по 2 контакта с азотистыми основаниями).