Сборка генома Accipiter gentilis
Когда я гуляю или иду куда-то, то всегда обращаю внимание на пернатых, поэтому и решила поискать геномы птичек. Задав в поиск определенные виды птиц, обнаружила, что их геном собран только на уровне скаффолдов, поэтому я просто просмотрела геномы по запросу Aves, аннотированные и собранные хотя бы на уровне Chromosome. И из них мне больше всего понравился Ястреб‑тетеревятник Accipiter gentilis (Northern goshawk).
Ястреб-тетеревятник — самый крупный вид рода ястребов. Живут в горных и лесных территориях Евразии и Северной Америки. Очень часто встречаются в наших лесах.
Поиск по NCBI Genome проводился по запросу "Accipiter gentilis", было найдено шесть сборок генома. Выбранная сборка - bAccGen1.1. Она является референсной и имеет качество сборки на уровне Chromosome.
* Референсный геном — отобранная вручную геномная сборка высокого качества, с которым могут сравнивать другие данные.
* Сборка на уровне Chromosome — это когда существует последовательность для одной или нескольких хромосом. Это может быть полностью секвенированная хромосома без пробелов или хромосома, содержащая скаффолды или контиги с промежутками между ними. Также могут быть нелокализованные скаффолды.
| GenBank | GCA_929443795.1 |
|---|---|
| RefSeq | GCF_929443795.1 |
| Genome size | 1.4 Gb |
| Scaffold N50 | 35 Mb |
| Scaffold L50 | 15 |
* N50 — Длина контига, для которого половина всех нуклеотидов сборки содержится в контигах такой и большей длины.
* L50 — Число контигов (наименьшее), в которых содержится половина всех нуклеотидов сборки.
Со страницы NCBI были скачаны нуклеотидная последовательность генома, последовательности белков и последовательность генома с аннотацией.