Филогенетическое дерево

Отобранные бактерии

Название Мнемоника
Aromatoleum aromaticum AROAE
Brucella suis BRUSU
Escherichia coli ECOLI
Paracoccus denitrificans PARDP
Rhizobium meliloti RHIME
Saccharophagus degradans SACD2
Yersinia pestis YERPE

Скобочная формула дерева

((PARDP, (BRUSU,RHIME)), (AROAE, (SACD2, (ECOLI,YERPE))));

Изображение дерева

tree
Рис. 1. Дерево с подписанными нетривиальными ветвями согласно таксономии

Нетривиальные ветви дерева

{BRUSU, RHIME} vs {PARDP, AROAE, SACD2, ECOLI, YERPE}
{BRUSU, RHIME, PARDP} vs {AROAE, SACD2, ECOLI, YERPE}
{BRUSU, RHIME, PARDP, AROAE} vs {SACD2, ECOLI, YERPE}
{BRUSU, RHIME, PARDP, AROAE, SACD2} vs {ECOLI, YERPE}

Реконструкция филогении

С помощью Taxonomy NCBI были подписаны некоторые нетривиальные ветви на дереве отобранных бактерий (рис. 1).

Для реконструкции филогенетического дерева была взята функция белка RL21 (один из белков большой субъединицы рибосомы). Из Uniprot были получены белковые последовательности для каждой из бактерий.

На сайте NGPhylogeny.fr была проведена реконструкция деревьем тремя алгоритмами: FastME (минимальная эволюция), TNT (максимальная экономия), PhyML (максимальное правдоподобие) (рис 2-6).

Получившиеся деревья в формате Newick: FastME, TNT, PhyML.

tree
Рис. 2. Дерево, построенное алгоритмом FastME
tree
Рис. 3. Дерево, построенное алгоритмом FastME и укорененное в среднюю точку
tree
Рис. 4. Дерево, построенное алгоритмом TNT
tree
Рис. 5. Дерево, построенное алгоритмом PhyML
tree
Рис. 6. Дерево, построенное алгоритмом PhyML и укорененное в среднюю точку

Укоренение с использованием внешней группы

Белковые последовательности RL21 для выбранных бактерий и внешней группы

tree
Рис. 7. Дерево с внешней группой — Helicobacter pylory (мнемоника HELPY), построенное алгоритмом FastME и укорененное посредством внешней группы
tree
Рис. 8. Дерево, построенное алгоритмом FastME и укорененное в среднюю точку

Бутстреп

tree
Рис. 9. Дерево, построенное алгоритмом FastME, укорененное в среднюю точку, с поддержкой ветвей

Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

Нуклеотидные последовательности 16S рРНК для выбранных бактерий

tree
Рис. 10. Дерево, построенное по нуклеотидным последовательностям 16S рРНК алгоритмом PhyML
tree
Рис. 11. Дерево, построенное по нуклеотидным последовательностям 16S рРНК алгоритмом PhyML и укорененное в среднюю точку
tree
Рис. 12. Дерево, построенное алгоритмом PhyML по белковым последовательностям функции белка RL21 и укорененное в среднюю точку