Ортологи и паралоги

Отобранные бактерии

Название Мнемоника
Aromatoleum aromaticum AROAE
Brucella suis BRUSU
Escherichia coli ECOLI
Paracoccus denitrificans PARDP
Rhizobium meliloti RHIME
Saccharophagus degradans SACD2
Yersinia pestis YERPE

Скобочная формула дерева

((PARDP, (BRUSU,RHIME)), (AROAE, (SACD2, (ECOLI,YERPE))));

Изображение дерева

tree
Рис. 1. Дерево с подписанными нетривиальными ветвями согласно таксономии

Составление списка гомологичных белков, включающих паралоги

С помощью blastp в протеомах выбранных бактерий были найдены гомологи белка CLPX_ECOLI (АТФ-связывающая субъединица протеазы Clp). Список находок, последовательности находок.

Реконструкция и визуализация

Дерево было реконструировано программой FastME с параметрами: 'Gamma distributed rates across sites' — No, 'Starting tree' — BIONJ, 'No refinement', 100 бутстреп реплик. Newick формула дерева.

Три пары ортологов: HSLU_AROAE и HSLU_SACD2, CLPX_RHIME и CLPX_ECOLI, CLPX_RHIME и CLPX_AROAE.

Три пары паралогов: CLPX_ECOLI и FTSH_ECOLI, Q21H49_SACD2 и HSLU_SACD2, Q92M98_RHIME и CLPX_RHIME.

tree
Рис. 2. Дерево гомологов белка CLPX_ECOLI в протеомах выбранных бактерий
tree
Рис. 3. Дерево гомологов белка CLPX_ECOLI в протеомах выбранных бактерий. Выделены группы белков ортологов: розовым цветом — АТФ-зависимые цинковые металлопротеазы FtsH, фиолетовым — АТФ-связывающая субъединица ClpA протеазы Clp, зеленым — АТФ-связывающая субъединица HslU протеасомоподобного комплекса деградации, синим — АТФ-связывающая субъединица ClpX протеазы Clp. Реконструированная филогения ортологичных белков соответсвует филогении бактерий.
tree
Рис. 4. Дерево гомологов белка CLPX_ECOLI в протеомах выбранных бактерий. Схлопнуты ветви ортологичных белков, цветовой код такой же, как на рис. 3