Для обзора был дан белок, являющийся ферментом - Триозофосфатизомераза. Белок был взят из бактерии Helicobacter pylori - грамотрицательная бактерия, инфицирует пищеварительный тракт человека и не только. Фермент изомеризирует D-glyceraldehyde 3-phosphate -> dihydroxyacetone phosphate. Этот фермент участвует в глюкогенезе и гликолизе.[1]
Таблица 1. Информация о белке из UniProt
| UniProtKB | Swiss-Prot | |
| UniProt ID | TPIS_HELPY | |
| UniProt AC | P56076 | |
| EC | 5.3.1.1 | |
| TaxID | 85962 | |
| DR | DR EMBL; AE000511; AAD07261.1; -; Genomic_DNA. DR PDB; 2JGQ; X-ray; 2.30 A; A/B=2-234. DR PDBsum; 2JGQ; -. |
|
| SQ | 234 AA | |
| MW | 26708 | |
| RecName | Full=Triosephosphate isomerase Short=TIM Short=TPI |
Структура белка известна неполностью, а только для фрагмента 2-234. То есть нам неизвеста первая аминоксилота.
Частичная Структура фермента представлена в модели 2JGQ.
В данной модели предсталвена частичная струкртура фермента из Helicobacter pylori. Так же в структуре присутствует две фосфатные группы и QGA.
| Текст поиска | Результат | |
|---|---|---|
| name:"triosephosphate isomerase" | 53,624 | |
| name:"triosephosphate isomerase" organism:"Bacteria" | 9 | |
| name:"triosephosphate isomerase" gene:tpia | 36,861 | |
| gene:tpia | 37,294 |
Самая первая версия была сделана 1 ноября 1997 года, а самая послденяя - 125 версия 7 апреля 2021 года.
UniRef50_P56076
Встречается 1353 Триозофосфатизомераз
588 последовательностей хранятся в UniParc
756 последовательностей хранятся в TrEMBL
9 последовательностей хранятся в Swiss-Prot
Длина 234 АА
У белка репрезентативная последовательность
UniRef90_P56076
Встречается 1219 Триозофосфатизомераз
552 последовательностей хранятся в UniParc
660 последовательностей хранятся в TrEMBL
7 последовательностей хранятся в Swiss-Prot
Длина 234 АА
У белка репрезентативная последовательность
UniRef100_P56076
Встречается 4 Триозофосфатизомераз
1 последовательность хранится в базе UniParc
2 последовательности хранятся в базе TrEMBL
1 Хранится в базе Swiss-Prot
Длина 234 АА
У белка репрезентативная последовательность и он является сидом
Протеом бактерии Helicobacter pylori UP000000429 содержит в себе 1552 белка
608 в Swiss-Prot
944 в TrEMBL
Для сравнения был выбран протеом бактериии Escherichia coli UP000000558. Результаты можно посмотреть в таблице 2.
Таблица 2. Сравнение протеома бактерии Triosephosphate isomerase и Escherichia coli
| * | Triosephosphate isomerase | Escherichia coli | |
|---|---|---|---|
| id | UP000000429 | UP000000558 | |
| общее кол-во белков | 1552 | 5062 | |
| трансмембранные белки | 292 (18,8%) | 539 (10,6%) | |
| ферменты | 453 (29,2%) | 1253 (24,7%) | |
| ДНК полимераза | 6 (0,4%) | 13 (0,3%) |
[1]Описание Helicobacter pylori
трансмембранные белки
annotation:(type:transmem) AND organism:"Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (Campylobacter pylori) [85962]" AND proteome:up000000429
annotation:(type:transmem) AND organism:"Escherichia coli O157:H7 [83334]" AND proteome:up000000558
ферменты
ec:* AND organism:"Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (Campylobacter pylori) [85962]" AND proteome:up000000429
ec:* AND organism:"Escherichia coli O157:H7 [83334]" AND proteome:up000000558
ДНК полимераза
name:"dna polymerase" AND organism:"Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (Campylobacter pylori) [85962]" AND proteome:up000000429
name:"dna polymerase" AND organism:"Escherichia coli O157:H7 [83334]" AND proteome:up000000558