Выравнивание последовательностей


Глобальное парное выравнивание гомологичных белков


Таблица 1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein name ID 1 ID 2 Score Identity, % Similarity, % Gaps Indels
30S ribosomal protein S8 RS8_ECOLI RS8_BACSU 315 48.5 68.9 2 2
DNA topoisomerase 1 TOP1_ECOLI TOP1_BACSU 1353.5 34.7 47.8 214 21
Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit SYFA_ECOLI SYFA_BACSU 841.0 47.4 65.4 17 6

Локальное парное выравнивание гомологичных белков


Таблица 2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein name ID 1 ID 2 Score Identity, % Similarity, % Gaps Indels Coverage 1, % Coverage 2, %
30S ribosomal protein S8 RS8_ECOLI RS8_BACSU 318.0 48.9 69.5 2 2 99.2 99.2
DNA topoisomerase 1 TOP1_ECOLI TOP1_BACSU 1357.0 40.2 55.4 94 17 85.0 99.4
Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit SYFA_ECOLI SYFA_BACSU 844.0 48.2 66.6 14 4 99.1 98.3

Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам


Таблица 3. Локальное и глобальное выравнивание случайной пары белков

Выравнивание ID 1 and protein name ID 2 and protein name Score Identity, % Similarity, % Gaps Indels Coverage 1, % Coverage 2, %
Глобальное TADA_ECOLI NARK_ECOLI 11.5 2.2 3.4 562 8 - -
Локальное TADA_ECOLI NARK_ECOLI 30.5 28.6 45.2 2 1 24.0 9.1

В глобальном и локальном выравнивании участвовали два белка tRNA-specific adenosine deaminase и Nitrite extrusion protein. Смотря на полученные данные в глобальном выравнивании, можно сделать вывод, что белки негомологичны, так как проценты идентичности и сходства очень маленькие, а количество гэпов большое. В локальном выравнивании проценты увеличиваются. Это можно обьяснить тем, что для выравнивания был взят маленький участок последовательности.


Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Для множественного вравнивания был взят белок 30S ribosomal protein S8(RS8_ECOLI). Такая мневмоника встречается у 876 организма. Из полученного списка были выбраны 7 белков: