С помощью программы Fiber были построены модели структур A-, B- и Z-формы ДНК:
Я выбрала А-форму ДНК и заданный гуанин и определяла атомы, направленные в стороны малой и большой бороздки (рисунок 1). Так же с помощью программы MarvinSketch было создано изображение гуанина, где красным цветом выделены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, а красным - в сторону малой (рисунок 2) В сторону малой бороздки смотрят следующие атомы: 17A.C8#341, 17A.N9#340, 17A.C4#350, 17A.N3#349, 17A.C2#347, 17A.N2#348, а в сторону большой: 17A.N1#346, 17A.C6#344, 17A.O6#493, 17A.C5#343, 17A.N7#342.
Рисунок 1
А-форма ДНК
Рисунок 2
Гуанин
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 28 | 33.78 | 43.6 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 21.34 (29:B.P - 17:A.P) | 20.58 (8:A.P - 28:B.P) | 29.25 (8:A.P - 47:B.P |
| Ширина малой бороздки (Å) | 9.63 (7:A.P - 27:B.P) | 13.2 (38:B.P - 8:A.P) | 14.37 (8:A.P - 59:B.P) |
Используя программ пакета 3DNA были определены торсионные углы нуклеотидов в заданной структуре тРНК - 1n77 и A-, B-, Z- формах ДНК. После их сравнения можно увидеть, что тРНК по своему строению больше всего напоминает А-форму ДНК. Файлы со значениями торсионных углов можно посмотреть ниже.
С помощью программы analyze была получена информация о водородных связях тРНК для цепей С и D. Файл для скачивания.
Стебли: (501-507,572-566), (549-553, 565-561), (538-544, 532-526), (510-513, 525-522)
Неканонические пары оснований: G502-U571, U554-A558, U555-G518, A538-C532, A544-G526, U513-G522, U508-A546, A514-A521, G515-C548.
Дополнительные водородные связи: U554-A558, U555-G518, U508-A546, A514-A521, G515-C548, G519-C556.
Так же была получена информация о площади перекрывания. Максимальное значение - 13.40 (структура #2). Изображение представлено ниже.Файл для скачивания.
Рисунок 3
структура #2
