В 6 практикуме я получила последовательность методом Сэнгера. Теперь нам нужно понять какая функция у этой последовательности и найти таксономическое положение организма, геному которого она принадлежит. Мы абсолютно ничего не знаем про нашу последовательность, поэтому логичнее всего воспользваться blastn. Параметры оставляем по умолчанию, word size - 16. Далее с помощью Jalview было построено выравнивание последовательности и 5 лучших находок. Из получившегося выравнивания, можно предположить, что последовательность относится к роду Loxosomella. (E-value равен 0.00 и процент идентичности равен 87%). Функцию белка можно узнать непосредственно из файла 'Выдача'. Можно предположить, что наша последовательность является фрагментом митохондриального генома и кодирует 1 субъединицу цитохром С оксидазы. Цитохромоксидаза участвует в окислительном фосфорилировании и является важной частью дыхательной цепи.
ВыдачаИсточник нуклеотидной последовательности - контиг кабана (Sus scrofa). С помощью blastx (все параметры оставили по умолчанию, кроме word size - 2, исключили из поиска нашего кабана) сделали поиск. Скорее всего одним из белков является LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein - имеет обратную транскриптазную активность, необходимую для обратной транскрипции мРНК и Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 21 - участвует в оплодотворении.
ВыдачаДве выбранные мной бактерии относятся к роду Mannheimia: Mannheimia sp. USDA-ARS-USMARC-1261 и Mannheimia varigena USDA-ARS-USMARC-1296.
По карте лояльного сходства мы можем сделать следующие выводы: бактерии родственные. Но очень необычно, что почти половина генома инверсирована. Инделей не очень много.