На сайте NCBI genomes в поисковую строку был введен запрос 'Coronaviridae', нашлось 72 результата. Выбрала Canada goose coronavirus. Он является видом гаммакоронавирусом. Был обнаружен в канадском гусе (Рисунок 1) и является одноцепочечной РНК. Ссылка на геном.
Далее с помощью программы SnapGene был подготовлен файл на вход.
Чтобы найти мотива сигнала TRS нужно было воспользоваться сервисом MEME. Используемые параметры представлены на рисунке 2.
С помощью этих параметров получилось найти консенсусную последовательность UUAACAA с хорошим p-value (Рисунок 3).
Далее с помощью веб-сервиса FIMO проверяем PWM основываясь на полный геном нашего вируса.Поиск производился с ограничением p-value 0,0001. По итогу получилось 12 находок с p-value 0,000061 (Рисунок 4). Можно сделать вывод, что найденный мотив UUAACAA явялется сигналом.
