Бутстреп-анализ выравнивания мутантных последовательностей

Цель задания – получить консенсусное дерево с помощью методов
bootstrep и jackknife, сравнить их с реальным деревом
и между собой.

Деревья получаются путем последовательного применения трех программ из пакета PHYLIP:

1. seqboot
2. dnaml
3. consense

   Ниже приведены деревья, полученные агоритмами bootstrep и jackknife:

   bootstrep	jackknife
   +-------------c +100.0-| | | +------b | +100.0-| +------| +------a | | | | +------f | +--------97.0-| | +------e | +---------------------------d	+------a +--------99.0-| | +------b +------| | | +------e | | +-92.0-| | +100.0-| +------f | | | +-------------d | +---------------------------c
   (((c:100.0,(b:100.0,a:100.0):100.0):100.0,(f:100.0,e:100.0):97.0):100.0,d:100.0);	(((a:100.0,b:100.0):99.0,((e:100.0,f:100.0):92.0,d:100.0):100.0):100.0,c:100.0);

   Видно, что методы очень схожи – частоты встречаемоcти внутренних ветвей (бутстреп-значения) отличаются не более чем на 5%, однако мне показалось что Jackknife быстрее. Ниже приведено реальное дерево.
   
   Топология воссоздана правильно.

   ---

   © Долудин Юрий, 2005